FastQCFastQC Report
Sat 23 Apr 2022
EGAF00005304846

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005304846
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences27926980
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length75
%GC34

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGATTGTAATGGAATGGAATAGAA1634830.5853944823249775No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAATGGAATGGAATGGAA656100.23493410315043017No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGATTGTAATGGAATGGAATAGAA619070.22167452406239413No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAATGGAATGGAATGGAA589790.21119003916642617No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGAA405490.1451965088956987No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGATTGTAATGGAATGGAATAGAATGGAA402450.14410795581906816No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGAATGGAA387450.13873680576990424No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGATTGTAATGGAATGGAA386430.1383715675665611No Hit
TGGAATTGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA360060.1289290857801309No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTCGATTGTAATGGAATGGAATAGAA338160.12108720670835156No Hit
TGGGTGGAGTGGAATGGAATGTAATGGAGTGGAATGTAATGGAATTTAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAAT309180.11071014481336686No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAATGGAATGGAGTGGAA302480.1083110311247403No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAA300390.1075626508845568No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[WARN]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
CAATCGC150.002355006569.0082538
GACGCTC650.068.993927
TATACCA150.00235694768.993927
CGGGTGC104050.065.673561
CGGTTAA711650.065.3951951
CGGGTAC98800.064.969471
CGGCATA750.064.454561
TACACGA700.064.124562
CGGCTAA2000.063.879071
CGGGCGC262900.063.043091
TACTCGG1050.062.42329433
CGGAATG3792850.060.3962251
CGGGTTT1018200.059.7224731
AGATCGC131000.058.70296527
GTGAGTC376500.058.5786319
GGGAGGC424450.058.3598182
CGGAATA328800.058.14731
GCGCTAT950.058.10388632
TGGTGGC282350.057.9978947
GGGCGCG342300.057.8704722
Produced by FastQC (version 0.11.5)