FastQCFastQC Report
Wed 27 Apr 2022
EGAF00005304848

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005304848
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences31259113
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length75
%GC34

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGATTGTAATGGAATGGAATAGAA1538370.49213488559320284No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAATGGAATGGAATGGAA812370.2598826140716149No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAATGGAATGGAATGGAA474590.15182452553916037No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGAATGGAA412060.13182075895755582No Hit
TGGAGTAGTAAGTTATAATATGGGAGATTATTTTGAAGTTTGGTAGGATAAGAATATAAATTTTAGGGTGATTGA410990.13147845877776507No Hit
TGGGTGGAGTGGAATGGAATGTAATGGAGTGGAATGTAATGGAATTTAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAAT407750.13044196103709021No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGATTGTAATGGAATGGAATAGAA397990.12731967154666224No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGAA387260.123887072547452No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGATTGTAATGGAATGGAATAGAATGGAA369280.11813514990012672No Hit
TGGAATTGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA369180.11810315922911824No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGATTGTAATGGAATGGAA342870.1096864136867863No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)