FastQCFastQC Report
Wed 27 Apr 2022
EGAF00005304898

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005304898
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences32987180
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC33

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[OK]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT1793780.5437809476287455No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA994800.30157170149130663No Hit
CGGGCGCGGTGGTTTACGTTTGTAATTTTAGTATTTTGGGAGGTCGAGGC882090.26740388235672163No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT696270.211072907717483No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT694450.21052117822742047No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGAT553970.16793493714831034No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGAT538160.16314216613848168No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA444510.13475234924597979No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGAT427050.12945938391823733No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGAT410650.12448775554624554No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA376700.1141958785200796No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAATGGAA366030.11096128859757032No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAA356280.10800559490080693No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA340530.10323101277526603No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)