FastQCFastQC Report
Sat 23 Apr 2022
EGAF00005411766

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005411766
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length91
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GCACGTGCACGCTCATAACAGGCTATATTTGGTCATAGTTATTATAGTCG11.3333333333333335No Hit
ACGCAGAGTCGAGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTT11.3333333333333335No Hit
GTATCAACGCAGAGTCGAGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT11.3333333333333335No Hit
ACGCAGAGTCGAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGG11.3333333333333335No Hit
CGTCATCCAGCAGAGAATGGAAAGTCAAATTTCCTGAATTGCTATGTGTC11.3333333333333335No Hit
ATCGACAACTCTTCCCCCACCACACTACCCCCCAGAAGATGTTGAGGCTG11.3333333333333335No Hit
TTGTCTGACGCCGGTAGAAAGGATGATAGTTGGTAGAAGTTGACAAGCGA11.3333333333333335No Hit
CCGTAGGGGAGTAACGGCTGCACCCTGAGCATGGGCACCTCGGCACATAC11.3333333333333335No Hit
TGGTGTAAATGAGTGAGGCAGGAGTCAGAGGAGATTAGTTGTGGCCCGTA11.3333333333333335No Hit
ACGCAGAGTCGAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGAGGACCGGCGCG11.3333333333333335No Hit
ATGTATAGTCGTTCTATTACCCGACGTAATCTTCGATGATACCTCACACG11.3333333333333335No Hit
ACGCAGAGTCGACGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTAAAAC11.3333333333333335No Hit
CTCAATCTTCAGGGAAACAGAAAATACAGAGAAGTATTAATCCTGTCTCT11.3333333333333335No Hit
GTTCTAGGAATAATGGGGGAAGTATGTAGGAGTTGAAGATTAGTCCGCCG11.3333333333333335No Hit
ACGCAGAGTCGACTTATTTTTTTTTTTGTTTTTTTATTTATTTAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
GATGAAAAGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGCGGGGG11.3333333333333335No Hit
ACGCAGAGTACGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACA11.3333333333333335No Hit
TCTGCATCCCTTGGATCCTCAAATTCCACAAAACCAAAGCCTCTTTTCAG11.3333333333333335No Hit
GATGTATGATGCATCCAGTTTGCAAAATGGGGTCCCATCAAGGTTCAGTG11.3333333333333335No Hit
GTCTTATTCCCATGCTGACAACTGTTGTTTTTAAAGTTTTAATTTTTAGT11.3333333333333335No Hit
CAAGAGGTTGTATTCGTACTTAAGAGCATCGTTCCACCCGCTGTCGGGTA11.3333333333333335No Hit
GCTTACATGTCTCGATCCCACTTAACTATCTTGGGCTGTGACAACGTCAC11.3333333333333335No Hit
GAGTATCTTCTGGGCCTCTTGGCCGTTGGCTCCTTCAAGCCGGACAACCA11.3333333333333335No Hit
ATGAGTATGAGGGCGTGATCATGAAAGGTGATAAGCTCTTCTATGATAGG11.3333333333333335No Hit
TAATTTCAGCAATGTGCCTGCACTATTACACGATGAGGGTTATATGTACT11.3333333333333335No Hit
TGTACATCCAGGTCACAGCGCATATGATGGCTTAGCTTGTGCTCAGAGTC11.3333333333333335No Hit
GGTCTTGTTCTTGTGTCAAAAAGCTGCAAGTTTGGTTTGTTCTCGTGTGT11.3333333333333335No Hit
GCAGTACCTCAATCTCATAAACTACTACAAGGGCCAGGACAACCTCACAC11.3333333333333335No Hit
ATATCAACGCAGAGTAGACTATTTATTTTTTTTTTTTTATTTTTTTTTTA11.3333333333333335No Hit
ATTCAAGGCTGTGTGAAATGAACAAAACCAGATCCAGGTGCAGCTCTGCC11.3333333333333335No Hit
ATCTTGCTCTGTTACAAAGTCACAAGTTAAACACTGCAGTCAGACGACTC11.3333333333333335No Hit
TTTCTATTACCTTTTCTGTAACCAAGATCAAGGCCAAAGTGGTCTTAGTA11.3333333333333335No Hit
TGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACGA11.3333333333333335No Hit
CTTCCCACTGGATCTCTGCCGGGCCCAACTCCCACCCTCGCCGGACAAGC11.3333333333333335No Hit
AGGGGGGGGTGGGGGGGGGGGGGGGGGGTGGGGGGGGGGGGGGGTGGGGG11.3333333333333335No Hit
AAAAAAAAGCACGCACTGCGTTTTGTTTTAAAATGATTTTATATTTTTTT11.3333333333333335No Hit
GACCAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAATCCTACTTCAGGGTG11.3333333333333335No Hit
GGTATCAAACCAGAGTCGAGTTTTTTTTATTTTTTTTTTTTTTTTTTAGA11.3333333333333335No Hit
TTCCATTCTCTGCTGGATGACGTGAGTAAACCTGAATCTTTGGAGTACGC11.3333333333333335No Hit
ACTCTACATTACATTCCATTCCATTCGGGTTGTTCCATTCCATTCCATTC11.3333333333333335No Hit
CTCCTCGTGATCATCACACTAATCTGCCAGGGCAATGGCGCGGCTGTGGT11.3333333333333335No Hit
CCGCGGGGCGGGGCAGGGCGGGGATCCTCCGGTGCCCTGTCTCTTATACA11.3333333333333335No Hit
ATCAACGCAGAGTACGGGAGCTTTTGGCCCGGGTTATACCCTGTCTCTTA11.3333333333333335No Hit
GTATCAAAGCAGAGTCGAGATTTTTTTTTTTTTTTATTTTATTATTTTAA11.3333333333333335No Hit
GTATCAACGCAGAGTCGAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAT11.3333333333333335No Hit
GAAGAGGACTACAAAGACCATGAAGCCTGAGGCCACTAAGGAGATGTGGA11.3333333333333335No Hit
TAGGTTAACCATTCCCCTATAGTATTGTTGTTGTGTCTTGTACCTGAGAT11.3333333333333335No Hit
CGCCTTGTCCCTGTGCCTCCTTCTACCATTTTTCTTCCTGAGATTCAAAA11.3333333333333335No Hit
ATCCTCACTCAGTAAACAGGGTACTGGACCAATTCTGACATGGAAGAGCA11.3333333333333335No Hit
GGTTGCGGCTGATTTTGTCGTGTGGGACCGGTGCTGGCTGGTCCGTCCCC11.3333333333333335No Hit
GGTATCAACGCAGAGTCCGGGGGAAGGAGCTTTTTTATGTATGACTTGTT11.3333333333333335No Hit
ACATATTAATTTTTTTTTTTTTTTTTAAGACAAGGGTAGCCCGTAACCCA11.3333333333333335No Hit
GTCGACGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACAAAGCGGGGGGGGCG11.3333333333333335No Hit
CAGCAAGGACTGGTCTTTATATCTCTTGTACTACACTGAATTCACCCCCA11.3333333333333335No Hit
ATCAAAGCCATTTCTGATGACATCTTCAGGATCTGTGCCATTTAACTTCA11.3333333333333335No Hit
GTCAAGGACAATACCAAATTCTACAATATTGAAGATCCACCGCCAATCCT11.3333333333333335No Hit
TCTTGATGGAGTGAAATCTTCAGAGGCAACAAATAAAAAATCATGATCCT11.3333333333333335No Hit
GAGTGTTGCTCTTGTCCCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCATGATCTCAGCT11.3333333333333335No Hit
GCATTGTAGAAAATAAAAACTTTCTCAAAGAGATATGTATTAAAGAGAAG11.3333333333333335No Hit
GTATCAACGCAGAGTCGACGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGG11.3333333333333335No Hit
TATCAACGCAGAGTCGAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGT11.3333333333333335No Hit
ACAGGTTTTGCGTAGCAACAGAGAAGTATAAATCAAACAGGAATCAAAAT11.3333333333333335No Hit
CTATTGGCACCGGTCTAGTCACCAACACGCTGGCCATGACTGAGGAGGAG11.3333333333333335No Hit
GATTGCTGAATTCCGATCAAAGCTTGAGGAAGTAAATGAAGCGGATTTAA11.3333333333333335No Hit
GGTCTAGGTCTCGTTCCAGATCATATTCTCCAGATCATAACAGAGAAAGA11.3333333333333335No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCTCATGAATCGGGGGTGGCGG11.3333333333333335No Hit
GCTCAGGACTGTACATCAGAGGAAGACAACAGCCAGCTGGAATACTTCCT11.3333333333333335No Hit
ATGTCTGCTGCAAAAGCCATCTGTGACCACGTCAGGGACATCTGGTTTGC11.3333333333333335No Hit
TCATTAGCCAGTCCCAAGCCATAGTAGCACAATGCTCCAAGACCTGTCTC11.3333333333333335No Hit
GGAATGGAATGGGATGGAATGGAATGGTACGGAATAGAATCGAATCGAAT11.3333333333333335No Hit
GTCGACGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGAGTGTGGGGGG11.3333333333333335No Hit
ACGCAGAGTCGAGGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT11.3333333333333335No Hit
TATCAACGCAGAGTCGAGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAG11.3333333333333335No Hit
GTGGTGACTTATGTAGATGCCATCAACAGTGGAGCAGTACCTTGTCTGGA11.3333333333333335No Hit
ATTAAAAGCCTAGTTAACGAATTTACAAAACGCATACCAAAATGTAAAGA11.3333333333333335No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
AGGGGGG50.085.01
GTGGGGG200.021.259
GGTGGGG200.021.258
GGGGGTG250.017.05
GGGGGGT250.017.04
GGGGTGG250.017.06
GGGTGGG250.017.07
Produced by FastQC (version 0.11.5)