FastQCFastQC Report
Sat 23 Apr 2022
EGAF00005413760

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005413760
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences96
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length91
%GC35

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ATGGGGTCGGTGGCGGATGCGAAAGGAAGAAACTGCATCTACTAATGCTA11.0416666666666665No Hit
CTACTGAGGGAATCTCAATTGATTTCTTTTCCTAAGGGTACTGAGATGTT11.0416666666666665No Hit
GCTGGGAACAATGCAAGAGACTATGGAGCGCAAAATTTTTGCTTATTGCT11.0416666666666665No Hit
CAACGCAGAGTCGAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAG11.0416666666666665No Hit
TATCAACGCAGAGTACGGGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAA11.0416666666666665No Hit
ACATACGACAATGAACAGAACATAATTTAAATTAGATAGAGGGTAGAAAA11.0416666666666665No Hit
CAAGCTGGACGTTAAAGGGAACCGGGTCGTTATGAGAGTCGACATAGAAA11.0416666666666665No Hit
GTCGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATTTCCACAAAAAAATAGT11.0416666666666665No Hit
GGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGGGGAGGTTGCTTCGGTAACTGACCT11.0416666666666665No Hit
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.0416666666666665No Hit
CAACAAAAAACCAAAAACAAACAAAAAAGATCAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.0416666666666665No Hit
GAAAGACCTTAAACAAATAAATAAATCTAATATTCACATTATATTTGAAG11.0416666666666665No Hit
CGAAATCCTTTTAGATTAAAATGAAGGTGACTTAAACAGCTTAAAGTTTA11.0416666666666665No Hit
GCAGGCTAGGAAGACTGCATCAGTTCTTAGTAAAGATGATGTGGCACCTG11.0416666666666665No Hit
GATTTAGTGGGTCAATTATTGTATTATAAAGTTCGTGATTATTTTTGATT11.0416666666666665No Hit
GCGCAGACCAGACTTGGCTCGTACTCTTTAGGCTCGCTTCGCTTTTACTC11.0416666666666665No Hit
AAAAATCAACCCTCGAGGTTACATATTGACTGACATGAAGGCCTCATTAA11.0416666666666665No Hit
GTTCTAGGAATAATGGGGGAAGTATGTAGGAGTTGAAGATTAGTCCGCCG11.0416666666666665No Hit
GACTTAGGTTCCGTGAGCCACCTCACAGGTTATGAAACAGAAAGACAGCG11.0416666666666665No Hit
AAAATGTATTAATAAAACGATAAAAAACAAATACAAATAAAAAAACAAAA11.0416666666666665No Hit
CCCTAAATAATGTGAATAAACTCTAACTCTATAAGCATATCAATATTAAA11.0416666666666665No Hit
GAATCAACGCAGAGTACGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG11.0416666666666665No Hit
CTGCAGATCATATGCAGAGCCACAAAAGTAGAATGAATAACACCAAAGTA11.0416666666666665No Hit
ATCCGCACCAAGCTGTTTTAAGATGATGTGTAGCATTACTGTAAGCTGCT11.0416666666666665No Hit
CAAAAGCTACTGAACCTACGAGTACACAGACTACGGAGGACTAATCTTCA11.0416666666666665No Hit
GTACGGGACTTATGACAACAAATACTACGGTTTTGCTGCTGCAGTTGAAG11.0416666666666665No Hit
GTGGTATCAACGCAGAGTACGGGAAGTACCCCGAGGAAAAAAAAAAAAAA11.0416666666666665No Hit
AACCAAGCTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.0416666666666665No Hit
TTAAAGAAATAACAAATAAAATATAATTATACCATCTAATATTAATAAAC11.0416666666666665No Hit
GAGTACGGGTCTCGGAGCAGAACCCAACCTCCGAGCAGTACATGCTAAGA11.0416666666666665No Hit
GTATCAACGCAGAGTCGACGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT11.0416666666666665No Hit
ACCCTACATCAACTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGA11.0416666666666665No Hit
CAACAGGCCATAGAAAGATTTTATGATAAAATGCAAAATGCATAATCAGG11.0416666666666665No Hit
GTGGTATCAACGCAGAGTCGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT11.0416666666666665No Hit
CTGTTTTCTGTGTCTGGTTTTTAGTATTGTTTTTGTTGTTTTTAGAGGGG11.0416666666666665No Hit
CAATTTAATCAATATATCCTAAAATTTCTAATAATCTTTTATAATTTATA11.0416666666666665No Hit
GGGCAGCCTTTGGGGTCATGACCCTTCCCTCCATCGGCATCCCCCAGATA11.0416666666666665No Hit
GTATCAACGCAGAGTCGAGGGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT11.0416666666666665No Hit
CAGGAGTCGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGGT11.0416666666666665No Hit
AGGTAGTGGAGGGAGATGGTCAGGCTTCCTGTTCCTTAACCAGCAGAGCC11.0416666666666665No Hit
GAGCACCCCGGATTTGCCTAAGATGCATGCCTACTGCCTTTCACCTGGAC11.0416666666666665No Hit
TCTTCCACCCCACTTCTTCCTTCACCAACATCCAAGTTCTTTCCTTCCCT11.0416666666666665No Hit
CATTGGACTCGTACATCCGTATTCCTCGATGTGAGGTGAGTACCAGCAGC11.0416666666666665No Hit
CTCTCCATTATTCAGTAAGTCAACTTCAATGTCGGATGCATGAAACCCAG11.0416666666666665No Hit
GGAATACTCATATTTTTCAGTGGTTGTTAATTAAGTGTAGTACAAGAGAT11.0416666666666665No Hit
GAGTCGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAACCCCCCCC11.0416666666666665No Hit
AACATATCTACAACAATACATACCTCACACATAATATCAAACTCTATTAG11.0416666666666665No Hit
ATTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTCGACGTCATCGAGGATGGCGG11.0416666666666665No Hit
CCTCGAGGTTGGATCACGACATCCCGATGGTGCAGCAGCTATTAAAGGTT11.0416666666666665No Hit
GGTATCAACGCAGAGTCGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTG11.0416666666666665No Hit
GGCTTGAACATTGATGCCTTCTAAGCCTTCAATAGCTTATTCAATAGTGG11.0416666666666665No Hit
CAGTAAACTAAAAACAACACATCGCATCATGCAGATATAAAAAACACAAG11.0416666666666665No Hit
CCATACCGGACGAATCCCCCAGCCAAGCTTAACCTGGCAATTAACAAATA11.0416666666666665No Hit
GATTATGCGGGTCTCATAAAACAAACCAAACATATACTTAAAAAAAAAAA11.0416666666666665No Hit
TTTTTTATTTTGTGTATAGTTAAAATTTACGTTCTTGATTCTGGTTTTTA11.0416666666666665No Hit
CAACCACACCGATATCCAAAACTCCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.0416666666666665No Hit
GCATAGAGAACCCCGGATTTGCCTAAGATGCATGCCTACTGCCTTTCACC11.0416666666666665No Hit
TATCAACGCAGAGTACGGGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAATTCCAGT11.0416666666666665Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (96% over 31bp)
ACCCAACACAGGCATGCTCATAAGGAAAGGTTAAAAAAAGTAAAAGGAAC11.0416666666666665No Hit
TTTTTTTTTTTTTTCCACACAACATATAGATCATTTATTTTCCTTCTAGT11.0416666666666665No Hit
GGCTCTAAGTGCACACCAAACTTCTCAAAAACATCTTTTTGTACTGCCTG11.0416666666666665No Hit
CAGTGGTATCAACGCAGAGTCGACATTATTTTTTTTTTTTTATTTTTTTT11.0416666666666665No Hit
CCTTGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGGCGCAGGCTCAGATGTGC11.0416666666666665No Hit
GTGCTGGGTCTTTGGTTGTTTTTTTTTTTTTGTTGTTTGTTGGAGGTTAA11.0416666666666665No Hit
GTATTCCTCCAGATCTCTACGCATTTCACCGCTACACCTGGAATTCTACC11.0416666666666665No Hit
GTTATAAACGCAAATAAATAAATCTTCAAAACTAACAGCTCTAACTTATA11.0416666666666665No Hit
ATATTTGCCGCCTCCCCGAAGCTTATCGCAGGCTATTACGTCTTTCATCG11.0416666666666665No Hit
CCCGAAGCTCCACTCTGAAGACAAGAAGAAGCAGAACGCCCGAATCCTGA11.0416666666666665No Hit
TCTCATCAACAACCGACATCTCACCACCCAACAAAGACTAATATATCTAA11.0416666666666665No Hit
AGCAACTAGAGGCCAGAAAATGGGCAAATTATCACTAACAGGTCTTTGAC11.0416666666666665No Hit
GTATCAACGCAGAGTCGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTT11.0416666666666665No Hit
CCTATGAGTACTAACCGGGAGACAGACTGCGGGTGCAACCGTCCGTAGTC11.0416666666666665No Hit
ACAAACAACAAAAAACAAAAAAATAACAAAAAACACAAAAACACAACAAA11.0416666666666665No Hit
GAGGAAGTTTGATCCTGAAAAATTTAAGCAACAAGCGGCCTGTCTCTTAT11.0416666666666665No Hit
TAGGTAAGCACCTGTAGTACCAGCTACTTTGTGGGGTGGCAGATGGGGGC11.0416666666666665No Hit
AATGTAAAAAATTAATAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTA11.0416666666666665No Hit
ATAAAAAACATATAAATTAATTGTCTCATAAAATATATATCACCGATAAT11.0416666666666665No Hit
CGCCGCTACTGAGGGAATCTCAATTGATTTCTTTTCCTAAGGGTACTGAG11.0416666666666665No Hit
GAAAAAAACTAACGAGAATAAACCGATAGAAATAACCAAAATAGGCGCGT11.0416666666666665No Hit
GGGTTTACTTACCTGGATATAGTCAACAGGATTCTTTCCTTCTCCTTCTT11.0416666666666665No Hit
GTATCAACGCAGAGTACGGGCGTGCCTGTCGCTTATACAAATCTCCGCGC11.0416666666666665No Hit
GAGTCGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGATAGGAAATT11.0416666666666665No Hit
TCAAACACCTAAAACACAAACAAACACAAAACAACCAAACCCACTAACCA11.0416666666666665No Hit
TACCCATTCAGTGGCCTGAGCAGTGCGAGCTGCAGACCAGTCATCCGTGG11.0416666666666665No Hit
GAATATGTCACTTGTCACACATGCCGATCACCTGACACAATCCTTCAGAA11.0416666666666665No Hit
CATGTAAGCAGCATCATGGAGGTTTGAAGATGCCGCATTTGGATTGGATG11.0416666666666665No Hit
ATAATAATGAATTATCAGAATAAAAAAAAACAAAATAAAAAAACAAAAAA11.0416666666666665No Hit
ACGCAGAGTCGAGGTTATTTTTTTTATTATTATTTTTTTTTTTTTTTTTT11.0416666666666665No Hit
CTTAAATAGGATGCATAAGTTGTGTAAGTTACGCCACTTAAATAAGTTAA11.0416666666666665No Hit
AACAACTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCAATAGGCAGGAG11.0416666666666665No Hit
CAGAGATAATATTACATGATTTTTCATAAGACTGAAATTCAAGGTATATT11.0416666666666665No Hit
CACCAAGATATAATTTTAAATTTAATTTAAATAAAATAATATACGTGCTA11.0416666666666665No Hit
TTATAACATTCTATCGTATAGGAAATTTGCACAGGGTCAATGGTCACCAC11.0416666666666665No Hit
CACAGGTAATGACAACGGAAAATCTCAATAAGGAAGACGAATTATATTTA11.0416666666666665No Hit
GTCCTAAACCAACAATTCCTGAAATTGCGAACCAATCCCACGTCTTGTCT11.0416666666666665No Hit
AATATTAATTCATAAAAAGAAACCAACCATAATCTTATAAAGTTAAGCAA11.0416666666666665No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
AACGCAG50.085.05
ACGCAGA50.085.06
TCAACGC50.085.03
CAGAGTA50.085.09
GCAGAGT50.085.08
CGCAGAG50.085.07
TATCAAC50.085.01
ATCAACG50.085.02
CAACGCA50.085.04
AAAAAAA150.028.33333284-85