FastQCFastQC Report
Tue 28 Jun 2022
EGAF00005416010

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005416010
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences42947547
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length125
%GC32

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[OK]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT1735230.4040347170468199No Hit
CGGGCGCGGTGGTTTACGTTTGTAATTTTAGTATTTTGGGAGGTCGAGGC1562620.3638438302425049No Hit
TGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA1275860.2970740098380939No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA1237700.28818875266613014No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGAT1155800.26911897901875514No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT1083320.25224257860408184No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT885530.20618872598241758No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA719440.16751597012048208No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA674780.15711723884952034No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAA609850.1419987968113755No Hit
TGGAGTAGTAAGTTATAATATGGGAGATTATTTTGAAGTTTGGTAGGATA592780.13802418098523764No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAA542750.12637508726633445No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT541390.12605842191639025No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAATGGAA535290.12463808468502287No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAG466190.10854869080182857No Hit
CGGTTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTATCGTGTTAGTT459490.10698864826901523No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAA437710.10191734582652649No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)