FastQCFastQC Report
Sun 5 Jun 2022
EGAF00005416039

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005416039
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences23032121
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length125
%GC32

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGGGCGCGGTGGTTTACGTTTGTAATTTTAGTATTTTGGGAGGTCGAGGC888750.38587414506896694No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT802360.348365658551377No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT629080.27313159738957604No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA595740.2586561611064826No Hit
TGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA586690.254726866014641No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA494080.21451780320188488No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGAT485380.2107404697986781No Hit
TGGAGTAGTAAGTTATAATATGGGAGATTATTTTGAAGTTTGGTAGGATA478220.20763176782546428No Hit
TGGGTTTTGTTATTTTAATAAATTTTGTTTTTGGGTGGGTGTGGGTATAA476230.20676775708151238No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT432690.18786372301534887No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAA406090.1763146346791075No Hit
TGGATGTTAGAGGGGTGTTTTGGGTAATTTTTGGGATTTAGAAGTGAAAG405680.17613662241527822No Hit
CGGTTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTATCGTGTTAGTT378700.16442254710280482No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT354810.15405007641284968No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA344790.14969963035536327No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAA239850.10413717434013132No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA237060.10292582259358572No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAA233210.1012542440186034No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA232770.10106320646717686No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)