FastQCFastQC Report
Sat 23 Apr 2022
EGAF00005416130

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005416130
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15357608
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length125
%GC32

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[OK]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT789010.5137583925830116No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT677140.440915017494912No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA577570.3760807021510121No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA538570.35068612247428116No Hit
CGGGCGCGGTGGTTTACGTTTGTAATTTTAGTATTTTGGGAGGTCGAGGC510390.33233691080017147No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGAT450150.29311205234565174No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAA448160.29181627763906987No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT430830.28053196825964044No Hit
TGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA402970.2623911223674937No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT376340.24505118244976692No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTCGAT323880.2108922170692207No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA277530.18071173583802894No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA244410.1591458774048667No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGAGTGTAA242190.15770033979249895No Hit
TGGAGTAGTAAGTTATAATATGGGAGATTATTTTGAAGTTTGGTAGGATA226020.1471713563726851No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAATGGAA225760.14700205917484024No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAA222840.14510072141442862No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGAGTGTAATGGAA210720.13720886742258298No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAA202550.1318890285518422No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAG198930.12953189064338666No Hit
CGGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGATTGTAATGGAA190050.12374974019391562No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGAT182640.11892477005533675No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGAG182240.11866431282788309No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA169090.11010178147534434No Hit
CGGTTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTATCGTGTTAGTT164510.10711954622100003No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGAT163370.10637724312275713No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGAT155980.10156529584555095No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
CGGGTGC76550.0114.622231
CGGGCGC245550.0114.448651
CGGTTAA668100.0113.0226751
CGGGTAC88850.0110.8141
CGGCTAA6600.0106.427691
GGGCGCG285150.0103.271982
CGGAATA285800.098.9762041
CGGGTAT275900.097.4574361
CGGATGC8350.096.241831
CGGGAGG917550.096.146841
CGGGTGT242750.096.0775151
CGGGCAT2550.095.710641
GGGAGGC404050.095.144242
GGCGCGG300250.095.1238563
CGGGCGT342950.094.389781
CGCGGTG303050.094.323495
CGGTAAT94000.094.1672061
GCGCGGT298950.094.064944
CGGATAC10100.093.711371
CGGGTTT453850.091.773251
Produced by FastQC (version 0.11.5)