FastQCFastQC Report
Sat 23 Apr 2022
EGAF00005416200

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005416200
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences9983358
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length125
%GC33

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT981480.9831161018166433No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA608010.6090235369702258No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT503070.5039086046999417No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTCGAT380980.3816150838224974No Hit
CGGGCGCGGTGGTTTACGTTTGTAATTTTAGTATTTTGGGAGGTCGAGGC372470.373090897872239No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAA328720.3292679677519328No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGAGTGTAA291450.29193583962430275No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA249490.2499058933877759No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGAGTGTAATGGAA235210.23560208899650797No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGAT209000.20934839760329138No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGAT203080.2034185291161551No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGAG191260.1915788254813661No Hit
TGGAGTAGTAAGTTATAATATGGGAGATTATTTTGAAGTTTGGTAGGATA190150.19046697514002806No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT183170.1834753396602626No Hit
CGGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGATTGTAATGGAA158410.15867406537960474No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTCGAT150290.1505405295492759No Hit
TGGATGTTAGAGGGGTGTTTTGGGTAATTTTTGGGATTTAGAAGTGAAAG129990.1302066899734538No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTCGAT129820.1300364065878435No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA129020.12923507300850073No Hit
CGGTTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTATCGTGTTAGTT125940.12614993872803118No Hit
TGGGTTTTGTTATTTTAATAAATTTTGTTTTTGGGTGGGTGTGGGTATAA124720.12492790501953352No Hit
CGGGTGGAGTGGAATGGAATGTAATGGAGTGGAATGTAATGGAATTTAGT122180.1223836709051203No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAATGGATTTAAT114450.11464078519472105No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGAT110760.11094463406000266No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA109560.10974263369098855No Hit
TGGTTAGTGGGGGTAGGTTTTTTAGGGAGAGGAGGGTGGATGGAATTAAG109010.10919171685519041No Hit
CGGGAGGCGGAGTTTGTAGTGAGTCGAGATCGCGTTATTGTATTTTAGTT105780.10595633252859409No Hit
CGGTGGATTTTTCGGTTTAAGTTTTGGTAATACGGTGAAATTTCGTTTTA104990.10516501561899314No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA104370.1045439820950025No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGTAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT102920.10309156498244379No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
CGGGCGC174550.0115.586881
CGGGTGC56800.0115.0461
CGGTTAA495000.0112.180431
CGGGTAC66500.0109.7305761
GGGCGCG202750.0104.387992
CGGGTAT197100.0100.640041
CGGCTAA4650.099.920561
CGGGTGT173200.099.085151
CGGGAGG707150.098.12741
CGGAATA212800.097.413881
CGGGCGT235750.096.7490841
GGCGCGG212950.096.368413
GGGAGGC304650.095.98322
CGCGGTG213150.095.859265
GCGCGGT211450.095.2229844
CGGTAAT60850.093.2922441
CGGGTTT336800.092.8893361
CGGGAAG98150.091.5824361
CGGAATG1646150.089.8866961
CGGGTAA49300.089.654111
Produced by FastQC (version 0.11.5)