FastQCFastQC Report
Thu 12 May 2022
EGAF00005416204

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005416204
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences25706163
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length125
%GC33

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT1492670.5806662005527624No Hit
TGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA1141450.4440374862635081No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA1094700.42585118595879123No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGAT838920.32634975511514497No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT827670.3219733726888762No Hit
TGGGTTTTGTTATTTTAATAAATTTTGTTTTTGGGTGGGTGTGGGTATAA653030.25403635696233623No Hit
TGGAGTAGTAAGTTATAATATGGGAGATTATTTTGAAGTTTGGTAGGATA538580.20951395974576215No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAA530430.20634351381028743No Hit
TGGTTTTATGAAAGGAAGTGTTTAATTTTATTGAGTTGAATGTAAATATT498900.19407797266359822No Hit
TGGATGTTAGAGGGGTGTTTTGGGTAATTTTTGGGATTTAGAAGTGAAAG487030.18946040293917066No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAATGGAA463270.18021748325489106No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA456390.1775410822688707No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAA401430.15616099532240577No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAA371890.1446695876004521No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA365290.14210210991037442No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAG354700.1379824752531134No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGAT330230.12846335721126487No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGAT305600.11888199728602047No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT303090.11790557774024851No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA296580.115373111109581No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT286170.11132349857114032No Hit
TGGAATATTTTTATATAAAATTAAGATAGAAGTATTTTTGGAAATATTTT272350.10594735589282618No Hit
TGGGTGTGGTGGTTTATGTTTGTAATTTTAGTATTTTGGGAGGTTGAGGT264290.10281192101676162No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)