FastQCFastQC Report
Sat 23 Apr 2022
EGAF00005416282

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005416282
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences14888294
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length125
%GC34

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT1057720.7104373409068897No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA778700.5230283604018029No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGAT657690.44174973976199017No Hit
TGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA623660.41889285636084295No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT558130.37487841118666787No Hit
CGGGCGCGGTGGTTTACGTTTGTAATTTTAGTATTTTGGGAGGTCGAGGC506920.340482260761374No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT411090.2761162561674293No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAATGGAA370270.248698742784096No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAA355610.23885208070179165No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA323300.21715046734031448No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAA309450.2078478568464594No Hit
TGGAATTGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAATGGAA300220.20164835541264833No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA295570.19852509629377282No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAG271490.18235131573839153No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGAT254150.17070458173381048No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT225890.15172322631457977No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGAT201350.1352404781904495No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAA178300.11975851632161483No Hit
CGGTTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTATCGTGTTAGTT177580.11927491490965988No Hit
TGGGTGGAGTGGAATGGAATGTAATGGAGTGGAATGTAATGGAATTTAGT152980.10275186666786672No Hit
TGGAATAGAATGGAATGTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA151870.10200631449110288No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAATGGATTTAATTTGAT149110.10015250907860901No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
CGGGTGC75000.0113.228031
CGGGCGC246350.0112.8010561
CGGTTAA672300.0111.191931
CGGGTAC94250.0104.5814061
GGGCGCG286900.0101.754222
CGGCTAA5900.098.9861451
GGCGCGG292550.096.4453053
CGCGGTG291500.096.058045
CGGAATA168700.095.802081
CGGATGC7850.095.653571
CGGGTGT228000.095.559021
CGGGTAT263650.095.453891
GCGCGGT291950.094.646674
CGGGCGT340800.093.132641
CGGGAGG849200.091.973031
GGGAGGC364050.091.7886352
CGGGTTT503750.090.203861
CGGTGGT518000.088.956127
CGGTAAT77600.088.622591
GCGGTGG422400.088.4994056
Produced by FastQC (version 0.11.5)