FastQCFastQC Report
Sat 23 Apr 2022
EGAF00005418484

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005418484
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences19933381
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length125
%GC32

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[OK]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT984770.4940305911977501No Hit
TGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA709080.35572490186185673No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT639570.3208537477912051No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA609270.3056531152442228No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT566760.2843270792847435No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGAT559760.2808153819966618No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAA546580.27420335767424503No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA464050.23280044664776137No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT435140.2182971368479838No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAA395970.1986466821659607No Hit
TGGGTGGAGTGGAATGGAATGTAATGGAGTGGAATGTAATGGAATTTAGT382240.19175873877090896No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA298220.14960833789310504No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA281540.14124046492664744No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAATGGAA272650.1367806093707836No Hit
CGGGTGGAGTGGAATGGAATGTAATGGAGTGGAATGTAATGGAATTTAGT264130.13250637210014699No Hit
CGGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGATTGTAATGGAA252740.12679233894139685No Hit
TGGAGTAGTAAGTTATAATATGGGAGATTATTTTGAAGTTTGGTAGGATA252100.12647126947505793No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTCGAT244420.12261843587899111No Hit
TGGAATTGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAATGGAA240880.12084252039330408No Hit
CGGGCGCGGTGGTTTACGTTTGTAATTTTAGTATTTTGGGAGGTCGAGGC230280.11552480735706602No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATTTGAT222890.11181745836293401No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAGTGTAA213360.10703653334073131No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAG209510.10510509983228636No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
CGGTTAA551350.0108.57831
CGGCTAA9500.0107.380521
CGGGTGC66100.0107.218081
GGGAGGC523150.0100.671412
CGGGAGG1149750.099.330431
CGGAATA376150.099.185891
CGGGTAC61100.098.710421
CGGGCGC153500.096.9261861
CGGTAAT120800.096.3481451
GCGGAGT332850.093.239377
CGGGTAA78200.091.467221
CGGGTGT227650.090.6695561
CGGAGTG125450.090.636951
CGGGAAG171750.090.273971
GGCGGAG597350.088.7340246
GGAGGCG591200.088.6510543
CGGTATT269400.088.64231
GCTAATT14400.088.388373
CGGGATA78850.088.065211
CGGGTTT469250.086.995211
Produced by FastQC (version 0.11.5)