FastQCFastQC Report
Thu 12 May 2022
EGAF00005418684

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005418684
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences27810412
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length125
%GC29

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT1194440.42949381692008015No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAA923350.33201593705264054No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA888240.3193911690341013No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT697670.2508664740385723No Hit
CGGGCGCGGTGGTTTACGTTTGTAATTTTAGTATTTTGGGAGGTCGAGGC412070.14817112382225767No Hit
CGGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGATTGTAATGGAA395530.14222371103311954No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA384800.13836544384887214No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTCGAT352590.12678345074499436No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA348600.1253487362934429No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGAT310930.11180344972954734No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGAGTGTAATGGAA302500.10877221092589352No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGAGTGTAA295940.10641338215341793No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT290160.10433502387523061No Hit
CGGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAA289810.10420917173035768No Hit
CGGAATAGAATGGAATGTAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAA278890.10028258481032212No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)