FastQCFastQC Report
Wed 8 May 2024
EGAF00005490804

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005490804
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences55414
Total Bases16.6 Mbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC47

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGACTACAAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA12652.2828166167394524No Hit
GGACTACACGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA8311.49962103439564No Hit
GGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA7541.3606669794636734No Hit
GGACTACAGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA7361.3281842133756814No Hit
GGACTACAAGGGTTTCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA6701.20908073771971No Hit
GGACTACTAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA6481.1693795791677195No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT6251.1278738224997293No Hit
GGACTACACGGGTTTCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA4900.8842530768397878No Hit
GGACTACCCGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA4870.878839282491789No Hit
GGACTACCGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA4770.8607933013317933No Hit
GGACTACTCGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA4660.8409427220557982No Hit
GGACTACTGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA4230.7633450030678168No Hit
GGACTACAGGGGTTTCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA3800.6857472840798354No Hit
GGACTACCAGGGTTTCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA3790.6839426859638359No Hit
GGACTACACGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT3690.6658967048038402No Hit
GGACTACTAGGGTTTCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA3650.6586783123398419No Hit
GGACTACAGGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT3210.579275995235861No Hit
GGACTACAAGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT3210.579275995235861No Hit
GGACTACCAGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT3180.5738622008878622No Hit
GGACTACTAGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT3080.5558162197278665No Hit
GGACTACAAGGGTATCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG3030.5467932291478688No Hit
GGACTACCCGGGTTTCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA2830.5107012668278774No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC2810.5070920705958784No Hit
GGACTACTCGGGTTTCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA2790.5034828743638792No Hit
GGACTACTGGGGTTTCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA2550.4601725195798895No Hit
GGACTACCCGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT2510.4529541271158913No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC2500.4511495289998917No Hit
GGACTACCGGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT2380.42949435160789695No Hit
GGACTACCGGGGTTTCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA2370.42768975349189736No Hit
GGACTACACGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT2160.3897931930559065No Hit
GGACTACACGGGTATCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG2150.3879885949399069No Hit
GGACTACACGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC2100.37896560435990906No Hit
GGACTACTCGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT2050.3699426137799112No Hit
GGACTACCAGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT1980.35731042696791426No Hit
GGACTACACGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC1920.34648283827191684No Hit
GGACTACAGGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT1850.3338506514599199No Hit
GGACTACTGGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT1840.33204605334392034No Hit
GGACTACTAGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT1810.3266322589959216No Hit
GGACTACAAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC1800.32482766087992204No Hit
GGACTACAGGGGTATCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG1800.32482766087992204No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA1780.3212184646479229No Hit
GGACTACAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC1770.31941386653192333No Hit
GGACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC1700.30678167971992637No Hit
GGACTACTAGGGTATCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG1700.30678167971992637No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC1660.2995632872559281No Hit
GGACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC1610.2905402966759303No Hit
GGACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC1570.283321904211932No Hit
GGACTACAAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC1570.283321904211932No Hit
GGACTACAAGGGTTTCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG1570.283321904211932No Hit
GGACTACAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC1490.26888511928393544No Hit
GGACTACTCGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT1420.25625293247193853No Hit
GGACTACCAGGGTATCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG1420.25625293247193853No Hit
GGACTACCCGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT1370.2472299418919407No Hit
GGACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC1350.24362074565994155No Hit
GGACTACACGGGTATCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA1320.2382069513119428No Hit
GGACTACCGGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT1300.23459775507994368No Hit
GGACTACACGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC1250.22557476449994585No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC1250.22557476449994585No Hit
GGACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC1220.22016097015194716No Hit
GGACTACACGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC1210.2183563720359476No Hit
GGACTACCGGGGTATCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG1210.2183563720359476No Hit
GGACTACAGGGGTATCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA1200.21655177391994804No Hit
GGACTACCCGGGTATCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG1200.21655177391994804No Hit
GGACTACCAGGGTATCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA1180.21294257768794891No Hit
GGACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC1170.21113797957194932No Hit
GGACTACAGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC1150.2075287833399502No Hit
GGACTACCGGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC1140.20572418522395064No Hit
GGACTACAAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC1130.20391958710795108No Hit
GGACTACTCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC1120.20211498899195152No Hit
GGACTACACGGGTTTCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC1100.19850579275995234No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAATCAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGATCTG1080.19489659652795324Illumina PCR Primer Index 7 (100% over 30bp)
GGACTACACGGGTTTCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG1080.19489659652795324No Hit
GGACTACTAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC1060.1912874002959541No Hit
GGACTACAGGGGTTTCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG1040.18767820406395494No Hit
GGACTACAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC1040.18767820406395494No Hit
GGACTACTGGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT1020.18406900783195582No Hit
GGACTACAAGGGTTTCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA1010.18226440971595625No Hit
GGACTACTCGGGTATCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG1010.18226440971595625No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGACATAATCTCATT990.17865521348395713No Hit
GGACTACCGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC990.17865521348395713No Hit
GGACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC990.17865521348395713No Hit
GGACTACTAGGGTATCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA980.17685061536795754No Hit
GGACTACTGGGGTATCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG970.17504601725195798No Hit
GGACTACCAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC960.17324141913595842No Hit
GGACTACCGGGGTATCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA920.16602302667196017No Hit
GGACTACTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC920.16602302667196017No Hit
GGACTACCAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC910.16421842855596058No Hit
GGACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC910.16421842855596058No Hit
GGACTACAGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC910.16421842855596058No Hit
GGACTACACGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC890.16060923232396146No Hit
GGACTACACGGGTTTCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA870.1570000360919623No Hit
GGACTACTAGGGTTTCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG870.1570000360919623No Hit
GGACTACCCGGGTATCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA870.1570000360919623No Hit
GGACTACTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC850.15339083985996319No Hit
GGACTACCAGGGTTTCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG850.15339083985996319No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAAAAGGCTAGATAGTAACTGTGGAATTTTGCAA850.15339083985996319No Hit
GGACTACTAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC830.14978164362796406No Hit
GGACTACTCGGGTATCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA820.1479770455119645No Hit
GGACTACTCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC800.14436784927996535No Hit
GGACTACCGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC800.14436784927996535No Hit
GGACTACTCGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC790.1425632511639658No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAATAGCTGACGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA780.1407586530479662No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAATGGCTGACAGATTATCCTGTGTGCTTGGAGG740.13354026058396795No Hit
GGACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC740.13354026058396795No Hit
GGACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC730.1317356624679684No Hit
GGACTACTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC730.1317356624679684No Hit
GGACTACTGGGGTATCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA730.1317356624679684No Hit
GGACTACAGGGGTTTCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA720.12993106435196883No Hit
GGACTACACGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGACATAATCTCATT700.12632186811996968No Hit
GGACTACACGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC700.12632186811996968No Hit
GGACTACAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC700.12632186811996968No Hit
GGACTACTCGGGTTTCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG690.12451727000397013No Hit
GGACTACACGGGTATCTAATCAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGATCTG680.12271267188797055Illumina PCR Primer Index 7 (100% over 30bp)
GGACTACCGGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC650.11729887753997184No Hit
GGACTACCCGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC650.11729887753997184No Hit
GGACTACTCGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC650.11729887753997184No Hit
GGACTACAGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC640.11549427942397228No Hit
GGACTACCGGGGTTTCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG640.11549427942397228No Hit
GGACTACAAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC630.11368968130797272No Hit
GGACTACCCGGGTTTCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC630.11368968130797272No Hit
GGACTACTGGGGTTTCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG620.11188508319197314No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAAAACAATTTGTTGAGGGTAGAACAACTCAGTT620.11188508319197314No Hit
GGACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC620.11188508319197314No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAACACCGGATGTGCTCTGACTCGCCCACTTCCG610.11008048507597358No Hit
GGACTACCAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC590.10647128884397446No Hit
GGACTACCAGGGTTTCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA590.10647128884397446No Hit
GGACTACCAGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGACATAATCTCATT590.10647128884397446No Hit
GGACTACTGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC580.10466669072797488No Hit
GGACTACCCGGGTATCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGACATAATCTCATT580.10466669072797488No Hit
GGACTACCGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC580.10466669072797488No Hit
GGACTACAAGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGACATAATCTCATT580.10466669072797488No Hit
GGACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC560.10105749449597576No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

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