FastQCFastQC Report
Wed 8 May 2024
EGAF00005491114

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005491114
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences64951
Total Bases19.5 Mbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC45

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
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GGACTACTCGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT2280.35103385629166606No Hit
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GGACTACTAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC760.11701128543055535No Hit
GGACTACTCGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC750.11547166325383751No Hit
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GGACTACCGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC730.11239241890040184No Hit
GGACTACAGGGGTATCTAACACCGGATGTGCTCTGACTCGCCCACTTCCG720.110852796723684No Hit
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GGACTACTAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC710.10931317454696617No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAATCCCGTTCGCTCCCCTGGCTTTCGCGCCTCA700.10777355237024833No Hit
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GGACTACTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC690.10623393019353052No Hit
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GGACTACAGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC690.10623393019353052No Hit
GGACTACCGGGGTTTCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA690.10623393019353052No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAACTGAAGGGGCGATTTCCCTTCACATGTCCAC680.10469430801681268No Hit
GGACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC680.10469430801681268No Hit
GGACTACCGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC680.10469430801681268No Hit
GGACTACCCGGGTTTCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC680.10469430801681268No Hit
GGACTACCCGGGTTTCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC660.10161506366337701No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAATTCCCTGTGTGTCCTTGGCATGGCCGTGATT660.10161506366337701No Hit
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GGACTACCCGGGTTTCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA650.10007544148665917No Hit
GGACTACCAGGGTATCTAACACCGGATGTGCTCTGACTCGCCCACTTCCG650.10007544148665917No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

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