FastQCFastQC Report
Wed 8 May 2024
EGAF00005491188

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005491188
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences58440
Total Bases17.5 Mbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC45

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
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GGACTACTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC650.11122518822724162No Hit
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GGACTACCAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC630.1078028747433265No Hit
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GGACTACCGGGGTTTCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA630.1078028747433265No Hit
GGACTACTGGGGTATCTAAAAGGCTAGATAGTAACTGTGGAATTTTGCAA620.10609171800136892No Hit
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GGACTACAGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC620.10609171800136892No Hit
GGACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC620.10609171800136892No Hit
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GGACTACAAGGGTTTCTAATGGCTGACAGATTATCCTGTGTGCTTGGAGG620.10609171800136892No Hit
GGACTACAAGGGTATCTAACATACGTGTACCAGGTTGGCATGCCTCCAGC610.10438056125941135No Hit
GGACTACCAGGGTATCTAAAAGGCTAGATAGTAACTGTGGAATTTTGCAA610.10438056125941135No Hit
GGACTACCGGGGTTTCTACATTGGTAAGACATAAGCCTGGGGTTCCTGGC610.10438056125941135No Hit
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GGACTACACGGGTATCTAATACCTCTTGTCCATGTCTTATGATACGGCCA590.10095824777549622No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

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