FastQCFastQC Report
Sat 23 Apr 2022
EGAF00005491290

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005491290
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences45609
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC45

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
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GGACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC550.12059023438356464No Hit
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GGACTACTAGGGTATCTAACATACGTGTACCAGGTTGGCATGCCTCCAGC540.11839768466749984No Hit
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GGACTACCCGGGTATCTACATTGGTAAGACATAAGCCTGGGGTTCCTGGC530.11620513495143503No Hit
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GGACTACAAGGGTATCTAATCCTGTTTGATACCCGCACCTTCGAGCTTAA460.10085728693898136No Hit
GGACTACTGGGGTATCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA460.10085728693898136No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
GTTTGCC157.194947E-6295.0295
CCGGGTT2100.0295.08
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GACTACA18600.0285.483862
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