FastQCFastQC Report
Wed 8 May 2024
EGAF00005491316

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005491316
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences70895
Total Bases21.3 Mbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC45

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
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GGACTACCGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTGA780.11002186331899287No Hit
GGACTACTCGGGTTTCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA780.11002186331899287No Hit
GGACTACTGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC770.10861132660977503No Hit
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GGACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC750.1057902531913393No Hit
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[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

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