FastQCFastQC Report
Wed 8 May 2024
EGAF00005491358

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005491358
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences72656
Total Bases21.8 Mbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC46

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
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GGACTACTGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC1940.26701167143800925No Hit
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GGACTACACGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC1730.2381083461792557No Hit
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GGACTACCCGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC1280.17617264919621228No Hit
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GGACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC1200.16516185862144903No Hit
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GGACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC880.12111869632239596No Hit
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GGACTACACGGGTTTCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA880.12111869632239596No Hit
GGACTACCGGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC870.11974234750055054No Hit
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GGACTACACGGGTATCTACATTGGTAAGACATAAGCCTGGGGTTCCTGGC840.11561330103501433No Hit
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GGACTACTCGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC830.1142369522131689No Hit
GGACTACCAGGGTTTCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA830.1142369522131689No Hit
GGACTACCGGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT810.11148425456947808No Hit
GGACTACACGGGTATCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA810.11148425456947808No Hit
GGACTACTGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTC800.11010790574763268No Hit
GGACTACAGGGGTATCTATGACTCTTGTCAACGTATAAGCCTTCCTGTTG800.11010790574763268No Hit
GGACTACTGGGGTTTCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC800.11010790574763268No Hit
GGACTACAAGGGTATCTACATTGGTAAGACATAAGCCTGGGGTTCCTGGC770.10597885928209645No Hit
GGACTACTAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC760.10460251046025104No Hit
GGACTACAAGGGTTTCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA750.10322616163840564No Hit
GGACTACACGGGTTTCTAATAAGGGTTTGGGGACCTGAAATAATCTCATT750.10322616163840564No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

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