FastQCFastQC Report
Wed 8 May 2024
EGAF00005491958

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005491958
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences83029
Total Bases24.9 Mbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC46

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
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GGACTACTAGGGTTTCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTC1290.15536740175119537No Hit
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GGACTACTCGGGTATCTAACACCGGATGTGCTCTGACTCGCCCACTTCCG1220.14693661250888246No Hit
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GGACTACAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTC1200.14452781558250732No Hit
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GGACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC950.1144178540028183No Hit
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GGACTACTAGGGTATCTAACTGAAGGGGCGATTTCCCTTCACATGTCCAC930.11200905707644317No Hit
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GGACTACTCGGGTATCTAACTGAAGGGGCGATTTCCCTTCACATGTCCAC880.10598706476050536No Hit
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GGACTACACGGGTTTCTAATAGCTGAAGCTTAGCATGTCTCCTGATCTTA850.10237386937094269No Hit
GGACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGTGCCTTAGCTGTTGTGTCCTC840.10116947090775513No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

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