FastQCFastQC Report
Sat 23 Apr 2022
EGAF00005492028

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005492028
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences67135
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC47

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
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[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
CGTTAGC157.210081E-6295.0295
ACCAGCG108.4473053E-4295.06
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CTACCGG6550.0288.24434
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