FastQCFastQC Report
Fri 1 Jul 2022
EGAF00005499114

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00005499114
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences37500
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length200
%GC52

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TCCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTAGCTTAAGTTGGAT28957.720000000000001No Hit
TCCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTTGGTAAGTTGGAT21745.7973333333333334No Hit
TCCGGAATCATTGGGCGTAAAGAGGGAGCAGGCGGCCGCAAGGGTCTGTG20635.501333333333333No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGTGCGGCAAGTCTGAT12293.2773333333333334No Hit
TCCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTACTTTAAGTTGGAT10872.8986666666666667No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGCGTAGGCGGGGATACAAGTCAGAT10472.792No Hit
TCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGTGGTATGGCAAGTCAGAA10372.765333333333333No Hit
TCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGGCGGTTCGTCGCGTCCGGT6971.8586666666666667No Hit
TTCGGAATCACTGGGCGTAAAGCGTGCGTAGGCTGTTTCGTAAGTCGTGT6291.6773333333333333No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGCGGCTTTGCAAGTCAGAT6261.6693333333333333No Hit
TCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGGATAGCAAGTCAGCT5881.568No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTGTGGCAAGTCTGAT5611.496No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGTGTAGGTGGCCATGCAAGTCAGAA5301.4133333333333333No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGACTGGCAAGTCTGAT4911.3093333333333335No Hit
TCCGGAATAATTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGCTCGGTAAGTCTGGA4711.256No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAGTGGCAAGTCTGAT4691.2506666666666666No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCACGGCAAGCCAGAT4631.2346666666666668No Hit
ATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGAT4511.2026666666666666No Hit
TCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGGAAGACAAGTTGGAA4031.0746666666666667No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCTGTGCAAGTCTGAA3901.04No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGCAGCAAGTCTGAT3670.9786666666666668No Hit
TCCGGATTTATTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGACGGGAAATTAAGTTAGTT3520.9386666666666666No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAGGCAAGTCTGAT3500.9333333333333335No Hit
TCCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGAGCGTAGGCGGTCGATTAAGTTAGAT3160.8426666666666668No Hit
TCCGGAATGATTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGCCTGCTAAGTCTGAA3150.84No Hit
TCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACAGTTAAGTCAGTT3030.808No Hit
GCAGTTTTTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCCGGTTTAATAAGTCTCTG3020.8053333333333332No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGTGTAGGTGGCCAGGCAAGTCAGAA2950.7866666666666666No Hit
TCCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGAGCGTAGGCGGTCTGATAAGTTGGAT2880.768No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGCCATGCAAGTCAGAA2820.752No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCTGTGTAAGTCTGAA2820.752No Hit
TCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGACCGGCAAGTTGGAA2760.736No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGATGGACAAGTCTGAT2670.712No Hit
TCCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTAATTAAGTTGGAT2620.6986666666666667No Hit
TCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGGGAGCAGGCGGCACTAAGGGTCTGTG2620.6986666666666667No Hit
TCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTGTCAAGTCAGCG2600.6933333333333334No Hit
TCCGGAATGACTGGGCGTAAAGGGCGTGTAGGCGGCAGTATAAGTCCGGA2540.6773333333333333No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTTTAGCAAGTCTGAA2400.64No Hit
TCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTATGTTAAGTATAAA2220.592No Hit
TCCGGAATGACTGGGCGTAAAGGGAGCGTAGGCGGCACAACAAGTTAGGA2180.5813333333333334No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCGAGCAAGTCAGTT1980.528No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGATTAGCAAGTCTGAT1970.5253333333333333No Hit
TCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCATGTAGGCGGTTTGGTAAGTCGGTC1890.504No Hit
TCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTTGATAAGTCTGAA1880.5013333333333333No Hit
TCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGTGCGTAGGCGGCCACTTAAGTCTGTC1790.47733333333333333No Hit
TCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGATGGATGTTTAAGTCAGTT1780.4746666666666666No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGGCTGCAAGTCAGAA1600.4266666666666667No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGAGTAGGCGGATTGGCAAGTTGGGA1540.4106666666666666No Hit
TCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGTTAATTAAGTCAGCG1450.38666666666666666No Hit
TCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGAGTGCAAGTTGAAT1410.376No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGCCGGGTCGGCAAGTCAGAT1380.368No Hit
TCCGGATTTATTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGACGGGACAACAAGTTAGTT1380.368No Hit
TCCGGAATGACTGGGCGTAAAGGGAGCGTAGGCGGCTTTGCAAGTTAGAA1340.35733333333333334No Hit
TCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGATTGTTAAGTCAGTT1300.3466666666666667No Hit
TCCGGAATGATTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGCCTGCTAAGTCTGGA1290.344No Hit
TCCGGATTTATTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGACGGGAATACAAGTTAGTT1280.3413333333333333No Hit
TCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGTGGGACAGCAAGTCGAAT1180.31466666666666665No Hit
TCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGTGTGTAGGCGGTTTATTAAGTTTAAG1150.3066666666666667No Hit
TCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGCTTGTTAAGTATGAG1130.30133333333333334No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCAGTGCAAGTCAGAT1120.29866666666666664No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGCATGGCAAGTCAGAA1050.27999999999999997No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGCATGATAAGTCTGAT1000.26666666666666666No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGCCGGGAGGGCAAGTCAGAT950.2533333333333333No Hit
TCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGACGCTTAAGTCAGTT950.2533333333333333No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGCGGCTAGGCAAGTCAGAC910.24266666666666667No Hit
TCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGTAATTTAAGTCAGCG840.22399999999999998No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTTTTGCAAGTCTGAA830.22133333333333333No Hit
TCCGGAATGACTGGGCGTAAAGGGTGTGTAGGCGGGCTCGCAAGTTGGAT800.21333333333333335No Hit
TCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTTGATAAGTTAGAG770.2053333333333333No Hit
TCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGTGCGTAGGCGGTTTATTAAGTCTAGA760.20266666666666666No Hit
TCCGGATTTATTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTTATTAGGTCTATG760.20266666666666666No Hit
TCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGTACGTAGGTGGTTACCTAAGCACGGG760.20266666666666666No Hit
TCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGGTCGGTAAGTTGGGA750.2No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGCGGAGCAAGTCAGAA750.2No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGAGATGCAAGTTGGGA750.2No Hit
TCCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGTTTCTTAAGTCAGAG730.19466666666666665No Hit
TCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTATCAAGTCAGCG710.18933333333333333No Hit
TTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCTGGCCGTTAAGTCTGTC710.18933333333333333No Hit
TCCGGAATGATTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGCCTGGTAAGTTTGGA660.17600000000000002No Hit
TCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACTGGTAAGTCAGTT660.17600000000000002No Hit
TCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTACTAAGTCTGTA660.17600000000000002No Hit
TCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTAGATAAGTCTGAA650.17333333333333334No Hit
TCCGGAATGATTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGCCTGGTAAGTTTGAA640.17066666666666666No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCTTTGCAAGTCTGAT630.168No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGTCAGCAAGTCAGAT620.16533333333333333No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCAAGGCAAGTCTGAT600.16No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGAGTGCAAGTCAGAT580.15466666666666667No Hit
TTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCTGACCGTTAAGTCTGTC580.15466666666666667No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGGACTGCAAGTTGGAT580.15466666666666667No Hit
TCCGGAATGATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCACGTTAAGTCTGGA550.14666666666666667No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGGGCGTAGACGGAGTGGCAAGTCTGAT550.14666666666666667No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCATTGCAAGCCAGAT550.14666666666666667No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGTAAGACAAGTCAGAA540.14400000000000002No Hit
TCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGATTATTAAGTCAGTT540.14400000000000002No Hit
TCCGGATTCATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGCCCGGCAGGCCGGGG520.13866666666666666No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGTGGCAAGGCAAGCCAGAA510.136No Hit
CTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGAT510.136No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCTTTGCAAGTCTGAC510.136No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGTGCAAGTCAGAA500.13333333333333333No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCATAACAAGTCTGAT500.13333333333333333No Hit
TCCGGATTTATTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGACGGGAAAATAAGTTAGTT490.13066666666666668No Hit
TCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGATTGGCAAGTTGGGA480.128No Hit
TCCGGAATGATTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGCCTGTTAAGTTTGAA480.128No Hit
TCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGTGTGTAGGCGGTTTGTTAAGTCTGAG480.128No Hit
GCTGTTTTTATTGGGCCTAAAGCGTTCGTAGCCGGTTTGATAAGTCTTTG480.128No Hit
TCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGGGAGCAGGCGGCCGCAAGGGTCTGTG470.12533333333333332No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTATGGCAAGTCTGAT470.12533333333333332No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGAGTAGGCGGGTCTGCAAGTCAGAT470.12533333333333332No Hit
TCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGTGTGTAGGCGGTTTATTAAGTCTAAG460.12266666666666667No Hit
TCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGGAGAACAAGTTGGAA440.11733333333333333No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGAGCAGCAAGTCAGAA440.11733333333333333No Hit
TCCGGATTCATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGAGCGCTAAGCGGGAC440.11733333333333333No Hit
TCCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGTGAGTAGGCGGTTTAAAAAGTCTGCA420.11199999999999999No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGAGAAGCAAGTCAGAA420.11199999999999999No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGTGGTGAGACAAGTCTGAA400.10666666666666667No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGCGGCGAGGCAAGTCAGGC400.10666666666666667No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGGATAGCAAGTCAGCT400.10666666666666667No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGAGTAGGCGGGAAGTCAAGTCAGAT390.104No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGTGGTATGGCAAGTCAGAA390.104No Hit
TCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGAAGGCTAAGTCTGAT380.10133333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)