FastQCFastQC Report
Thu 16 Jun 2022
EGAF00006153140

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00006153140
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences11515481
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length76
%GC39

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Per base sequence content

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N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTTTATGGTTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAA133213211.568183734574353No Hit
GTATGGGTGGTTTAGTGGTAGAATTTTTGTTTGTTACGTGGAATTCTCGG8263907.176339399109772No Hit
GAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTG2096561.8206447477096266No Hit
GTATTGGTGGTTTAGTGGTAGAATTTTTGTTTGTTACGTGGAATTCTCGG2036101.768141513150862No Hit
GGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAGTCACTT1831801.5907281684542747RNA PCR Primer, Index 1 (97% over 35bp)
GATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTT1325161.1507639151156606No Hit
AAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTC1304351.1326925900880735No Hit
AGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCA1217891.0576110541973887RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 28bp)
GTATTGGTGGTTTAGTGGTAGAATTTTTGTTTTTTATGTGGAATTCTCGG1154641.002684994226468No Hit
GTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTA1114940.968209664885036No Hit
GGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAAC1063040.9231399018417032RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 24bp)
GTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGT945250.8208515128460547No Hit
GGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCA905920.7866974901005004No Hit
GGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAGTCACTTAGGC882690.7665246462566349RNA PCR Primer, Index 3 (100% over 39bp)
ATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGG784300.681083143639419No Hit
AGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGG737370.6403293097353033No Hit
GGTTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCTCG723760.6285104373842482No Hit
GAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTG692390.6012688484310815No Hit
TTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTAT621100.539360882971367No Hit
GTTTGGTTAGTTTAGTTGGTAGAGTATGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAAC608750.528636189838705RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 24bp)
GTATGGGTGGTTTAGTGGTAGAATTTTTGTTTGTTATGTGGAATTCTCGG599950.5209943032340552No Hit
GTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTC577460.5014640725819443No Hit
AATAATATAGGATTTTTTTGAGGTTTTGTAATTGGAATTCTCGGGTGCCA558100.4846519220517146No Hit
AATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGG544070.4724683232945285No Hit
TGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATT527060.4576969038462223No Hit
GGTTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAG505750.43919138071609864No Hit
AGGATTGTGGTTTTATTTTGTTGGTTTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGA479520.4164133482570116RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 22bp)
GGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAA474850.4123579379793167No Hit
GTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACT472910.4106732493414734RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 25bp)
GTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAG458210.3979078251268879RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 29bp)
AGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCT457820.3975691506069091No Hit
ATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGT421630.3661418919452865No Hit
ATGGTTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTA369060.32049030344455437No Hit
TTATGGTTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGT368370.3198911100630534No Hit
TTATGGTTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATT362650.31492388377003094No Hit
GGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAGTCACTTAGGCA357580.31052111501030655RNA PCR Primer, Index 3 (100% over 40bp)
ATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGT354590.30792461035713575No Hit
TAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATT352890.3064483368085102No Hit
TAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCC341290.2963749408296536RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 27bp)
ATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCTCGGGTG339370.2947076201159118No Hit
GTTTATGGTTATATTACTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAA335790.2915987617017474No Hit
GTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGG326940.28391345528684386No Hit
AATATAGGATTTTTTTGAGGTTTTGTAATTGGAATTCTCGGGTGCCAAGG321370.27907648842458255Illumina Small RNA Adapter 2 (100% over 21bp)
GTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTG319500.2774525875210944No Hit
AGATAGTAGGATGGTGGTTATGGAAGTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAA319470.27742653563494224RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 23bp)
TTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGA316720.27503844607098915No Hit
TATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAG311600.270592257501011No Hit
AAATTATTTATTTTTGATTTGGGGAGGTAGTGATGAAAAATAATAATATA304740.2646350595342044No Hit
GTCTATGGTTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAA301530.2618475077159174No Hit
AAGTTAGAATTTTGTTTAGGTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAGT295970.2570192248157068RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 30bp)
AAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGG289670.25154832872374155No Hit
AGAAAAGGTGTTGGTTGATATAGATAGTAGGATGGTGGTTATGGAAGTTG287390.24956838537617318No Hit
TTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTA285760.24815289956190278No Hit
AGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGA261540.2271203434750142No Hit
ATGGTTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCT252520.2192874097052481No Hit
ATTTATTTTTGATTTGGGGAGGTAGTGATGAAAAATAATAATATAGGATT250820.21781113615662256No Hit
ATAGGATTTTTTTGAGGTTTTGTAATTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAAC246930.21443307491888527RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 24bp)
TTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTA244500.2123228721405558No Hit
TATGGTTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTC244380.212218664595947No Hit
ATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCTCGGGTGCC236780.20561885343738573No Hit
TATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCTCGGGT235320.2043509949779779No Hit
GTTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGT235310.20434231101592717No Hit
GTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAG234150.20333497141804152RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 29bp)
TTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGA229860.19960955169827468RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 22bp)
TTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGAT222890.19355683014890995No Hit
TAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCG221700.1925234386648721No Hit
ATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTG220520.19149873114288496No Hit
GTTTATGGTCATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAA213240.18517680676994733No Hit
TATGGTTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTT210420.18272792947163907No Hit
GATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGA208770.18129507573326725No Hit
TTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGA203280.1765275805674118No Hit
GGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGT200550.1741568589275602No Hit
GTTTATGGTTATATTATTTTGAACGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAA198550.1724200665174125No Hit
ATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGG196170.17035328354933676No Hit
GTTTATGGTTATACTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAA188680.16384899597333363No Hit
TTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAGTCA187480.16280692052724502RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 32bp)
AGATTTTAGAAAAGGTGTTGGTTGATATAGATAGTAGGATGGTGGTTATG187460.16278955260314354No Hit
GATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAGTCACTTA182760.15870809043929646RNA PCR Primer, Index 3 (100% over 36bp)
GTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAGTC179200.15561659994923357RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 31bp)
AAGAAGTTTGGTTTGTTGGTGTGGAGTTGGGTGTGGAATTCTCGGGTGCC173890.15100541610029142No Hit
GTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAA172490.14978966141318803No Hit
GTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAG171900.14927730765219446No Hit
AAAGTAGGTTTGAGTTGTTTGGATATTGTAGTTAGGAATAATGGAATTCT170420.14799208126868516No Hit
ATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAGTC169940.14757525109024971RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 31bp)
GTTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCTCGG166690.14475296342375973No Hit
GAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACT164100.14250381725261846RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 25bp)
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GTTTATGGCTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAA146980.12763687422175418No Hit
AAAAGGTGTTGGTTGATATAGATAGTAGGATGGTGGTTATGGAAGTTGGA146940.12760213837355122No Hit
TTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTC145700.12652532707925965RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 26bp)
AAAGGTGTTGGTTGATATAGATAGTAGGATGGTGGTTATGGAAGTTGGAA144950.12587402992545427No Hit
GTAGAATTTTTGTTTGTTACGTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAG143820.12489274221372082RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 29bp)
TTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGGATGGGAGATTGTTTGGAAT137560.11945658196995852No Hit
TAAGTTAGAATTTTGTTTAGGTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAG136380.11843187444797139RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 29bp)
TTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAGTATTTGG136110.11819740747260146No Hit
GATATAGATAGTAGGATGGTGGTTATGGAAGTTGGAATTCTCGGGTGCCA134530.11682534146858477No Hit
TTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTT132220.11481934623486419No Hit
TTTGAGGTTTTGTAATTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAGTCACT131260.11398568587799329RNA PCR Primer, Index 3 (100% over 34bp)
GTTTATGGTTATATCATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAA129480.11243994063296182No Hit
GTATGGGTGGTTTAGTGGTAGAATTTTTGTCTGTTACGTGGAATTCTCGG128480.111571544427888No Hit
GTATGGGTGGTTCAGTGGTAGAATTTTTGTTTGTTACGTGGAATTCTCGG127300.11054683690590085No Hit
ATATTAAAATTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAGTCACTTAGGCA126010.10942660580135558RNA PCR Primer, Index 3 (100% over 40bp)
GTTTATGGTTATATTATTTTGAATGCGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAA125780.1092268746741886No Hit
TTAAGTTAGAATTTTGTTTAGGTGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCA125130.1086624171408906RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 28bp)
AAATGGATTTTTGGAGTAGGGAGATGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTC124140.10780270489786749RNA PCR Primer, Index 1 (100% over 26bp)
TAATATAGGATTTTTTTGAGGTTTTGTAATTGGAATTCTCGGGTGCCAAG123550.10729035113687391No Hit
ATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCTCGGGTGCCAAG123050.10685615303433699No Hit
GTTTATGGTTATATTATCTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAA122680.10653484643845967No Hit
TGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTT120710.1048241059144642No Hit
TGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAAGTTAAGTAGGGTTGGGTTTGGTTAG120260.10443332762218097No Hit
ATAGATAGTAGGATGGTGGTTATGGAAGTTGGAATTCTCGGGTGCCAAGG119660.10391228989913666Illumina Small RNA Adapter 2 (100% over 21bp)
TTATATTATTTTGAATGTGTTTGATTTTGTTTGATTTTGGAATTCTCGGG118930.10327836066943274No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

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