FastQCFastQC Report
Tue 12 Jul 2022
EGAF00006215282

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00006215282
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences192
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length51
%GC56

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGTTTCCCAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGG6533.85416666666667No Hit
GGTTTCCCAGTCCACTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGGCTGAT5930.729166666666668No Hit
GGTTTCCCAGTCCACTATACTGACGTCTCCAACATGAGCCGCTTGGCGAGG178.854166666666668No Hit
GGTTTCCCAGTCCACTATACTGACGTCTCCAACATGAGCTGCTTGGCGAGG94.6875No Hit
GGTTTCCCAGTCCACTATACTGACGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACA31.5625Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
ATGACCGGCCCAGCAGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAG31.5625No Hit
GGTTTCCAAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGG21.0416666666666665No Hit
GGTTTCCCAGTCCACTATACTGACGTCTCCAACATGAGCAGCTTGGCGAGG21.0416666666666665No Hit
GGTTTGCCAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGG10.5208333333333333No Hit
GGTTCCCAGTCCACTATACTGACGTCTCCAACATGAGCCGCTTGGCGAGGC10.5208333333333333No Hit
ATGACCGGCCCAGCAATCATCACAGGGTTGGACCTGTCTCTTATACACATC10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTCCACTATACACATCTCCGAGCACACGAGACCGAGGCTGAT10.5208333333333333No Hit
GTTGGCCAGGCCGGTCTCCAACTCCTGACCCCAGGTGATCCACCTGCCTTG10.5208333333333333No Hit
ATGACCGGCCCAGCATCAATCATCACAGGGTTTGACCTGTCTCTTATACAC10.5208333333333333No Hit
ATGACCGGCCCAGCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACAGGG10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTCCTGTCTCTTATAACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGGC10.5208333333333333No Hit
GGTTAGAGAAGGAGTGTACCGCTGTGCTGTTGGCACGAACACCTTCAGGGA10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTCCACTATACTGACGTCTCCAACATGATCCGCTTGGCGAGG10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTCCTGTCTTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGGC10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTCCACTATACTTACGTCTCCAACATGAGCCGCTTGGCGAGG10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTCCACTATACTGACGTCTCCAACATGAGCTGCTTGGCGAGT10.5208333333333333No Hit
GCCAGCGCAGGGGCTTCTGCTGAGGGGGCAGGCGGAGCTTGAGATGAAGCT10.5208333333333333No Hit
CTTTTAGCCGACTTCTCTGGAGTGATCACATCACCTCACCACTGTGTCACT10.5208333333333333No Hit
GCCATCCAGGGCTGGTTCTCTTGTTCTCAGAAACATCTTGTCGGCTTCTTC10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTACTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGG10.5208333333333333No Hit
CGAGATCAGGAGATTCAGACCATCCTAGCCAACACGGTGAAACCCGTCTCT10.5208333333333333No Hit
GGCCAGTCCACTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGGCTGATCTCG10.5208333333333333No Hit
GCACACTAATAATTTGTATAGATTATATATATTAGATCTTTGGTATGGTTT10.5208333333333333No Hit
CGTTAAAAGTAGTGGTATTTCACTTTCGCCTTTCGGCTCCCACTTATCCTA10.5208333333333333No Hit
GGTTCCCAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGGC10.5208333333333333No Hit
CCAGGTGTGGTGGCACACACTTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGC10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTCCTGTATCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGG10.5208333333333333No Hit
ATGACCGGCCAAGCATCAATCATCACAGGGTTGGACCTGTCTCTTATACAC10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTCCACTATACTGACGTATCCAACATGAGCTGCTTGGCGATG10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTCCAGCTCCCAGTCTCCACTGACACCCCGGCCTCTGTCTGC10.5208333333333333No Hit
GGGTTCCCAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGG10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAAG10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTCCGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGGC10.5208333333333333No Hit
CCTAGGGAGAGGAGGGTGGATGGAATTAAGGGTGTTAGTCATGTTAGCTTG10.5208333333333333No Hit
GGTTTCCCAGTCCTGTCCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGGC10.5208333333333333No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)