FastQCFastQC Report
Fri 2 Sep 2022
EGAF00006623097

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00006623097
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences19141
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length507-4792
%GC52

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
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GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCGGTTTTACCCTAGGCCGC3191.666579593542657No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCGCCCCCACCTTCGACGGC960.5015411942949689No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCGCTGATTCCACTGTGGACGGT670.3500339585183637No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCACTATCCACACCTTAGGTACC630.32913640875607336No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTAACCCCAGTCACTGATTCCCTCCTTAACCCA430.22464865994462152No Hit
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AGGGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG240.12538529857374223No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCGCTAATCACACCCTCGGAGCA230.12016091113316964No Hit
AGGGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG230.12016091113316964No Hit
AGAGTTTGATCATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG230.12016091113316964No Hit
AGGGTTTGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGATAGGCTTAACACATG230.12016091113316964No Hit
AGAGTTTGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG230.12016091113316964No Hit
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AGGGTTTGATTCATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACAT220.11493652369259705No Hit
AGGGTTTGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG220.11493652369259705No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGTCGC220.11493652369259705No Hit
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG220.11493652369259705No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCGGTTTTACCCTAGGCCGC210.10971213625202444No Hit
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AGGGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATG210.10971213625202444No Hit
AGAGTTCGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTATAGGCTTAACACATG200.10448774881145184No Hit

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