FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00006623104

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00006623104
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences7316
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length554-3215
%GC52

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTATCCCACCTTAGGCGGC2643.608529250956807No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAGC1772.4193548387096775No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAGC1451.981957353745216No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA821.1208310552214324No Hit
AGGGTTTGATTATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG720.9841443411700382No Hit
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AGGGTTTGATTCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG540.7381082558775287No Hit
AGAGTTTGATTCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG540.7381082558775287No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCATACCGTGGTAAAC530.7244395844723893No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA490.6697648988518317No Hit
AGAGTTTGATTATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG490.6697648988518317No Hit
AGGGTTTGATCATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG470.6424275560415528No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCACTATTCACACCTTAGATACC450.615090213231274No Hit
AGGGTTCGATTCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG420.5740841990158557No Hit
AGGGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG420.5740841990158557No Hit
AGGGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG410.5604155276107162No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTAACCCCAATCATGCCCCCCACCTTAGGCCGA390.5330781848004373No Hit
AGGGTTTGATTCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG360.4920721705850191No Hit
AGGGTTTGATTATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG360.4920721705850191No Hit
AGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA360.4920721705850191No Hit
AGAGTTTGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG340.4647348277747403No Hit
AGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA340.4647348277747403No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTAACCCCAATCATGCCCCCCACCTTAGGCCGA330.4510661563696009No Hit
AGAGTTTGATTCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG330.4510661563696009No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA330.4510661563696009No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTGACCCCAATCACTAGTCCTACCTTCGACGGC330.4510661563696009No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCATACCGTGGTAAAC330.4510661563696009No Hit
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AGAGTTTGATTATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG320.4373974849644614No Hit
AGGGTTTGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG310.423728813559322No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTATCCCACCTTAGGCGGT310.423728813559322No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCACTATTCACACCTTAGATACC290.39639147074904313No Hit
AGAGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG290.39639147074904313No Hit
GGTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTATCCCACCTTAGGCGGCT270.36905412793876435No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTGACCCCAATCACTAGTCCTACCTTCGACGGC250.3417167851284855No Hit
AGAGTTTGATCATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG250.3417167851284855No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA240.3280481137233461No Hit
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AGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCACTATTCACACCTTAGATACC230.3143794423182067No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCGTCCCAATCGCCAATCCCACCTTCGACCAC220.30071077091306725No Hit
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AGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA210.28704209950792786No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTCGTCCCAATCGCCAATCCCACCTTCGACCAC210.28704209950792786No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAGTCACCTGTATTACCCTAGGCCGA200.2733734281027884No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTGTCCCACCGTGACCGGC200.2733734281027884No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAGTCACTGGTATTACCCTTAAGCGC190.259704756697649No Hit
AGGGTTTGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATG190.259704756697649No Hit
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AGCTACCTTGTTACGACTTGACCCCAATCACTAGTCCTACCTTCGACGGC180.24603608529250956No Hit
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AGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCATACCGTGGTAAAC170.23236741388737014No Hit
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AGGGTTTGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG170.23236741388737014No Hit
AGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA170.23236741388737014No Hit
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GGTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAGCG160.2186987424822307No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCGACTTTACCTTAGACGGC160.2186987424822307No Hit
AGGGTTTGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGATAGGCTTAACACATG160.2186987424822307No Hit
AGGGTTTGATTCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG150.2050300710770913No Hit
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG150.2050300710770913No Hit
AGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAGTCACCTGTATTACCCTAGGCCGA150.2050300710770913No Hit
AGAGTTCGATTATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG150.2050300710770913No Hit
AGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCACTATTCACACCTTAGATACC150.2050300710770913No Hit
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AGGGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG130.17769272826681246No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAGTCACCGGTATTACCCTAGTGCGC120.16402405686167304No Hit
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AGGGTTCGATCATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG90.12301804264625478No Hit
TAGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTATCCCACCTTAGGCGG90.12301804264625478No Hit
TAGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTATCCCACCTTAGGCGG90.12301804264625478No Hit
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AGAGTTTGATTCATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACAT90.12301804264625478No Hit
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