FastQCFastQC Report
Fri 2 Sep 2022
EGAF00006623107

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00006623107
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences17554
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length510-4929
%GC52

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCATACCGTGGTAAAC8594.893471573430557No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTATCCCACCTTAGGCGGC6793.86806425885838No Hit
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AGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCATACCGTGGTAAAC6103.474991454939045No Hit
AGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAAC4402.5065512133986556No Hit
AGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTATCCCACCTTAGGCGGC4302.449584140366868No Hit
AGAGTTTGATTATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG3932.2388059701492535No Hit
AGAGTTTGATTATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG3722.1191751167825No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA3121.777372678591774No Hit
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AGGGTTTGATTATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG2851.6235615814059474No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCGCTGACCCTACCGTGGTCGGC1951.1108579241198588No Hit
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AGGGTTTGATTCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG1630.9285632904181382No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCATACCGTGGTAAAC1590.9057764612054233No Hit
AGGGTTTGATTCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG1440.8203258516577417No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAAC1350.769055485929133No Hit
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AGGGTTTGATTATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG1300.7405719494132391No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTATCCCACCTTAGGCGGC1250.7120884128973454No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAGTCACCTGTATTACCCTAGGCCGA990.5639740230146975No Hit
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AGGGTTTGATTCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG790.45003987695112224No Hit
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AGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCATACCGTGGTAAAC790.45003987695112224No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCGGTTTTACCCTAGGCCGA750.42725304773840717No Hit
AGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAAC730.41585963313204966No Hit
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AGGGTTTGATTATGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG650.37028597470661956No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGTCGC640.36458926740344083No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCGACTTTACCTTAGACGGC620.35319585279708327No Hit
AGAGTTTGATCATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG620.35319585279708327No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTGTCCCACCGTGACCGGC540.30762219437165317No Hit
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AGGGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG530.30192548706847444No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA500.28483536515893815No Hit
AGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCGCTAATCACACCCTCGGAGCA480.27344195055258064No Hit
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AGGGTTCGATTATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG440.25065512133986556No Hit
AGGGTTCGATTATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG440.25065512133986556No Hit
AGAGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATG430.24495841403668678No Hit
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AGGGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG420.23926170673350802No Hit
AGAGTTCGATTATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG420.23926170673350802No Hit
AGAGTTTGATCATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG420.23926170673350802No Hit
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AGGGTTCGATTATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG410.2335649994303293No Hit
AGGGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG400.2278682921271505No Hit
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AGGGTTTGATTCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG380.21647487752079297No Hit
AGAGTTTGATTCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG380.21647487752079297No Hit
AGAGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG370.21077817021761422No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTCGTCCCAATCGCCAATCCCACCTTCGACCAC370.21077817021761422No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAGC360.20508146291443544No Hit
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AGGGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG330.18799134100489917No Hit
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AGAGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTATAGGCTTAACACATG330.18799134100489917No Hit
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AGAGTTCGATTATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG330.18799134100489917No Hit
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG300.17090121909536288No Hit
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AGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCGACTTTACCTTAGACGGC290.16520451179218412No Hit
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AGGGTTCGATTCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG270.15381109718582658No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATCAGTCCTGCCTTCGGCAGC240.13672097527629032No Hit
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AGGGTTTGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATG220.12532756066993278No Hit
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AGGGTTTGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGATAGGCTTAACACATG220.12532756066993278No Hit
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AGGGTTCGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG210.11963085336675401No Hit
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CGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCATACCGTGGTAAA210.11963085336675401No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATTGGTTTTGCCTTAGGCGAT210.11963085336675401No Hit
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AGGGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATG200.11393414606357526No Hit
CGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAA200.11393414606357526No Hit
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GGTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCATACCGTGGTAAACG190.10823743876039649No Hit
AGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCGCTGATTCCACTGTGGACGGT190.10823743876039649No Hit
AGGGTTCGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG190.10823743876039649No Hit
AGAGTTCGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG180.10254073145721772No Hit
AGAGTTCGATTCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG180.10254073145721772No Hit
AGGGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG180.10254073145721772No Hit
AGTTACCTTGTTACGACTTAACCCCAATCATGCCCCCCACCTTAGGCCGA180.10254073145721772No Hit
CGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTATCCCACCTTAGGCGG180.10254073145721772No Hit

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