FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00006623115

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00006623115
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences8105
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length503-5178
%GC52

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAGC3824.713140037014188No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCATACCGTGGTAAAC1591.961752004935225No Hit
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AGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCATACCGTGGTAAAC1021.2584824182603331No Hit
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AGGGTTCGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG630.7772979642196175No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCGCTAATCACACCCTCGGAGCA560.6909315237507712No Hit
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AGAGTTCGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG500.6169031462060457No Hit
AGGGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG500.6169031462060457No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAGTCACCGGTATTACCCTAGTGCGC480.5922270203578038No Hit
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AGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAGTCACCGGTATTACCCTAGTGCGC370.4565083281924738No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAGTCACTAGTTTTACCCTAAACAGC360.44417026526835285No Hit
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AGGGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG360.44417026526835285No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA320.39481801357186924No Hit
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GGTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAGCG300.3701418877236274No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAGTCACTGGTTTTACCCTAGGCAGC280.3454657618753856No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCGACTTTACCTTAGACGGC280.3454657618753856No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA260.3207896360271437No Hit
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AGGGTTCGATTCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG250.30845157310302285No Hit
AGGGTTCGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGATAGGCTTAACACATG250.30845157310302285No Hit
AGAGTTCGATCATGGCTCAGGATGAACGCTAGCGATAGGCTTAACACATG230.283775447254781No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATCAGTCCTGCCTTCGGCAGC200.24676125848241826No Hit
AGAGTTTGATTATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG200.24676125848241826No Hit
AGAGTTTGATTATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG200.24676125848241826No Hit
AGGGTTCGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG190.23442319555829735No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTTTACTTCCTCTAGATAGTCAAGTTCGACCGT190.23442319555829735No Hit
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AGAGTTCGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGATAGGCTTAACACATG180.22208513263417642No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCGCTAATCACACCCTCGGAACA180.22208513263417642No Hit
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AGGGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATG170.20974706971005555No Hit
AGGGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATG170.20974706971005555No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCGCTGACCCTACCGTGGTTAGC170.20974706971005555No Hit
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AGGGTTCGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCTACAGGCTTAACACATG160.19740900678593462No Hit
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AGAGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTAGCGGCAGGCCTAACACATG150.1850709438618137No Hit
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AGGGTTCGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGGCAGGCCTAACACATG140.1727328809376928No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCGGTCTTGCCCTAGGTCGC140.1727328809376928No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGTCGC90.11104256631708821No Hit
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