FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00006623129

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00006623129
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences8769
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length524-5326
%GC52

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA6046.887900558786635No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGTCGC2663.0334131599954386No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCGACTTTACCTTAGACGGC2202.5088379518759267No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAGC2042.326377009921314No Hit
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AGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA1311.4938989622533927No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTATCCCACCTTAGGCGGC1151.3114380202987799No Hit
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG1141.3000342114266163No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA1101.2544189759379634No Hit
AGGGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG1091.2430151670658No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCGCTAATCACACCCTCGGAGCA1091.2430151670658No Hit
AGGGTTCGATTATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG931.0605542251111872No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCGGTTTTACCCTAGGCCGA921.049150416239024No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA840.9579199452617174No Hit
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AGAGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG700.7982666210514312No Hit
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AGGGTTCGATCATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG620.7070361500741248No Hit
AGGGTTTGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG580.6614209145854716No Hit
AGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGTCGC560.6386132968411449No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGTCGC540.6158056790968184No Hit
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AGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCGACTTTACCTTAGACGGC520.5929980613524917No Hit
AGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAGC520.5929980613524917No Hit
AGAGTTCGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG500.5701904436081652No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATTGGTTTTGCCTTAGGCGAT480.5473828258638385No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGTCCG480.5473828258638385No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTCGTCCCAATCGCCAATCCCACCTTCGACCAC440.5017675903751853No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGTCCG420.4789599726308587No Hit
AGGGTTCGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTATAGGCTTAACACATG390.4447485460143688No Hit
AGAGTTTGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG380.4333447371422055No Hit
AGGGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTATAGGCTTAACACATG380.4333447371422055No Hit
AGAGTTCGATTATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG370.42194092827004215No Hit
AGGGTTCGATTATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTATAGGCTTAACACATG340.3877295016535523No Hit
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AGGGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG330.376325692781389No Hit
AGGGTTTGATCATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG320.36492188390922564No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTCACCAGTTTTGCCCTAGGCCG310.3535180750370624No Hit
AGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCGGTTTTACCCTAGGCCGA310.3535180750370624No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTTATCGACGCCACCTTCGACGAC300.34211426616489904No Hit
TGGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCG300.34211426616489904No Hit
AGGGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATG300.34211426616489904No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGT300.34211426616489904No Hit
AGAGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTATAGGCTTAACACATG300.34211426616489904No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCGACTTTACCTTAGACGGC300.34211426616489904No Hit
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AGGGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG280.31930664842057244No Hit
AGAGTTCGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTATAGGCTTAACACATG280.31930664842057244No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTAACCCCAATCATGCCCCCCACCTTAGGCCGA280.31930664842057244No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAGCATACCGTGGTAAGC280.31930664842057244No Hit
AGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTATCCCACCTTAGGCGGC270.3079028395484092No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCGGTTTTACCCTAGGCCGA260.29649903067624583No Hit
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GGTTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGCCGA210.23947998631542936No Hit
GGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTATCCCACCTTAGGCGGC200.22807617744326605No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCACTATCCACACCTTAGGTACC200.22807617744326605No Hit
GGCTACCTTGTTACGACTTCGTCCCAATCGCTAGCCCCACCTTTAACCGC200.22807617744326605No Hit
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GGTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCCGAT190.21667236857110275No Hit
AGGGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATG190.21667236857110275No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTGACCCCAATCACTAGTCCTACCTTCGACGGC180.20526855969893945No Hit
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AGAGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATG170.19386475082677615No Hit
AGGGTTCGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATG170.19386475082677615No Hit
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AGAGTTCGATTCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG170.19386475082677615No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTCACCAGTTTTGCCCTAGGTCC160.18246094195461282No Hit
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AGGGTTCGATTCATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACAT160.18246094195461282No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTAACCCCAGTCACTGATTCCCTCCTTAACCCA160.18246094195461282No Hit
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AGGGTTTGATTCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATG150.17105713308244952No Hit
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CTGGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATCACCAGTTTTGCCCTAGGCC140.15965332421028622No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCGCTGATTCCACTGTGGACGGT140.15965332421028622No Hit
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TGGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAATTACCAGTTTTGCCCTAGGTCG130.14824951533812292No Hit
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TAGGGTTCGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACAT110.12544189759379631No Hit
AGAGTTCGATTCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATG110.12544189759379631No Hit
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GGCTACCTTGTTACGACTTAGCCCCAGTCACCGGTATTACCCTAGTGCGC110.12544189759379631No Hit
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AGGGTTTGATTCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTATAGGCTTAACACAT90.10263427984946973No Hit
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