FastQCFastQC Report
Mon 19 Sep 2022
EGAF00006975148

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00006975148
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences28614289
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length65
%GC48

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CATGTATATATACATGTATATATACATGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTT757060.26457410841136053TruSeq Adapter, Index 12 (100% over 36bp)
AATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTA444760.15543283287591034No Hit
AATTAATTTATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTA414950.14501496088195656No Hit
AATTTATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTA384150.1342511078992737No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)