FastQCFastQC Report
Sat 22 Apr 2023
EGAF00007938530

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00007938530
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences600000
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length31
%GC55

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[WARN]Per base sequence content

Per base sequence content

[OK]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGTCGCCACACCCAGAAAGCACCGAAACGTA34240.5706666666666667No Hit
TCCGCGCCGCCGTCCCCTGTCAAAGGTCGTG20530.3421666666666667No Hit
TCTCCACCGCGTCGCCCGCCGCCGGGTCGTC17560.2926666666666667No Hit
GGCCGTCGCCCGTTCTTCCACCCGGTAGGTG17320.2886666666666667No Hit
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG16610.2768333333333333No Hit
CGTCGTCATACCCAGAAAGCACCGAAACGTA16180.26966666666666667No Hit
CGTCGTCATACCCAGAAAGCACCGAAACGCA14040.234No Hit
ACCGCGTCCGGTGAAGAAGTAGCAGTTCTGA12830.21383333333333332No Hit
GACGCACTGACGGAAGGTCTGTCCGATGAAC12080.2013333333333333No Hit
CAGACCGATGCCCTGACCGAAGGTCTGTCTG11970.19949999999999998No Hit
ACCGCATCCGGTGAAGAAGTTGCGGTACTGA11690.19483333333333333No Hit
ACCGCATCCGGTGAAGAAGTAGCTGTTCTGT11270.18783333333333335No Hit
CAGACCGACGCCCTGACTGAAGGTCTGTCCG10460.17433333333333334No Hit
GGCCGTCGTCCTTTTTTCCACCCGGTTGGCG9920.16533333333333333No Hit
CAGGGTGCTCTGACTCTGTCTCTGCCGAAAC9550.15916666666666665No Hit
CCGCGTCGCCCGCCGCCGGGCCGTCGTCCGT9440.15733333333333333No Hit
TCTGCGTCCGCCTCCGTTCTGTCTCCGACCG8620.14366666666666666No Hit
ATTGAACAGAAACAGCTGCTGCAGGGTGACG8330.13883333333333334No Hit
GCCGTCCGTTATTTCCGCGGCCGCGGCTCCG8290.13816666666666666No Hit
CCGGTAGGCGAGGCGGACTATTTCGAATACC8030.13383333333333333No Hit
CGTGGTGAAAAACGTCCGCGTTCCCCGTCCA8020.13366666666666666No Hit
AGCCCGGCTAAATCTGCGCCGCCGTCTCCGG7750.12916666666666665No Hit
GCTCTGGTCTCCGCCATGGAACGCACCGAAC7430.12383333333333332No Hit
CAGGACAGCCTGCCGGATACCAAAGCATCTG7380.123No Hit
ATTGCTGCCGTTGGCTCTCCAGTGAAGTCTA7050.11750000000000001No Hit
CAGGCCCCGAAAGCTGACGCGCAACAGAACA6990.1165No Hit
GTGCGTTATTTCCGTGGCCGCGGCAGCGGTT6880.11466666666666667No Hit
GAGCGTGCCCGTGGCCGCGGCCGCGGTCGCG6740.11233333333333334No Hit
GGCCGTCGTCCGTTCTTCCACCCGGTTGGTG6720.11199999999999999No Hit
CGCCGTCCGCCACCTGGTCGTCGCCCGTTCT6700.11166666666666666No Hit
CAGGGCGCGCTGACCCTGTCCCTGCCGAAAC6700.11166666666666666No Hit
CAGGACTCTCTGCCGGACACTAAAGCCTCTG6440.10733333333333332No Hit
GCCGAAGCTGATTATTTCGAATACCACCAGG6280.10466666666666667No Hit
ATCGAACAGAAACAGCTGCTGCAGGGCGATG6210.1035No Hit
GACGCCCTGACGGAGGGTCTGAGCGATGAAC6170.10283333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)