FastQCFastQC Report
Wed 10 Jul 2024
EGAF00008125527

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00008125527
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences7500
Total Bases1 Mbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length143-145
%GC44

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTC509767.96No Hit
TGCTGATCATTGTTGATTCAAGTGCTGTGTGATGTAGAACCATGTCGTCA3184.24No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTCAAGTGCTGTGTGATGTAGAACCATGTCGTCA2743.6533333333333333No Hit
TGCTGATCACTGTTGATTCAAGTGCTGTGTGATGTAGAACCATGTCGTCA550.7333333333333333No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT450.6No Hit
TGCTGATATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT400.5333333333333333No Hit
TGCTATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT280.37333333333333335No Hit
TGTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT260.3466666666666667No Hit
TGCTGATCATTTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCT250.33333333333333337No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAGGTCTGGAGTATTTCCTC250.33333333333333337No Hit
TGCTGATCTTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT240.32No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAGAGTCTGGAGTATTTCCTC230.3066666666666667No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGGGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTC220.29333333333333333No Hit
TCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT220.29333333333333333No Hit
TGCTGATCATTTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT220.29333333333333333No Hit
GCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT210.27999999999999997No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGCGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTC200.26666666666666666No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTCCCTC200.26666666666666666No Hit
TGCTGTCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT190.2533333333333333No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGGAAAGTCTGGAGTATTTCCTC180.24No Hit
TGTTGATTCAAGTGCTGTGTGATGTAGAACCATGTCGTCAGTGTAGATCT160.21333333333333335No Hit
TGTTGATCAAGTGCTGTGTGATGTAGAACCATGTCGTCAGTGTAGATCTC160.21333333333333335No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTACTTCCTC160.21333333333333335No Hit
TGCTGATCATGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT150.2No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAGAAGTCTGGAGTATTTCCTC140.18666666666666668No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCCGGAGTATTTCCTC140.18666666666666668No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT130.17333333333333334No Hit
TGCGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT130.17333333333333334No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCT130.17333333333333334No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGGGTATTTCCTC120.16No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCAGGAGTATTTCCTC120.16No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTGTTTCCTC110.14666666666666667No Hit
TGCTGCTCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATGTCCTC110.14666666666666667No Hit
TGCTGACATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT110.14666666666666667No Hit
TGCTGATCATTGTTCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT100.13333333333333333No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGCATTTCCTC100.13333333333333333No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCAC100.13333333333333333No Hit
TGCTGATCATTGATGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTC100.13333333333333333No Hit
TGCTGATCATAGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTC90.12No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTTGAGTATTTCCTC90.12No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATCTCCTC90.12No Hit
TGTTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTC90.12No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGCGTATTTCCTC90.12No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCGTC90.12No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTATGGAGTATTTCCTC80.10666666666666667No Hit
TGCTGATCATTGGTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTC80.10666666666666667No Hit
TGCTGATCATTGTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTCT80.10666666666666667No Hit
TGCTGATCATTGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCCC80.10666666666666667No Hit
TGCTGATCAATGTTGCTTTGGGGGTGAGGAAAAGTCTGGAGTATTTCCTC80.10666666666666667No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.12.1)