FastQCFastQC Report
Wed 10 Jul 2024
EGAF00008142719

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00008142719
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences120
Total Bases17.3 kbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length143-145
%GC61

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTTCCTCTTCTCAGCAGTTGTTGTTTCCGTCCAACTGTAGAACCATGTCG6655.00000000000001No Hit
AGACCCCTGGAACTGCTACATGTGCGGGCACAAGGGTACCTACGGGCTGC86.666666666666667No Hit
CTTCCTCTTCTCAGCTGTTGTTGTTTCCGTCCAACTGTAGAACCATGTCG75.833333333333333No Hit
GCTATCCTGCCATGCTCCAGACACTCCTGCAGCTCCAGCTTATCATTCAC54.166666666666666No Hit
GCTATCCTGCCATGCTCCAGCAGTTGTTGTTTCCGTCCAACTGTAGAACC32.5No Hit
CTTCCTCTTCTCAGCAGTTGTGTTTCCGTCCAACTGTAGAACCATGTCGT21.6666666666666667No Hit
TGGCTCATCTTCAAACCGTCTCCTGTTTTGTAGTCCAACCCTGTGATGAT21.6666666666666667No Hit
TGGCTCATCTTCAAACCGTCTGCATCTGACCTGTTGTTCCAACTGTAGAA21.6666666666666667No Hit
CTTCCTCTTCTCAGCTGGGACAGGTGGGTAAACCTTTGGAGGGTCAAATT21.6666666666666667No Hit
AGACCCCTGGAACTGCTACCTGTGCGGGCACAAGGGTACCTACGGGCTGC21.6666666666666667No Hit
GCTATCCTGCATGCTCCAGACACTCCTGCAGCTCCAGCTTATCATTCACA10.8333333333333334No Hit
GCTATCCTGCCATGCTCCAGACACTCCTGCAGCTCCAGCCTATCATTCAC10.8333333333333334No Hit
GCTATCCTTCCATTCTACCTACACGACGTCCGCGACATCGTATAATTAAA10.8333333333333334No Hit
CTTCCTCTTCTCAGCAGTTGTTGTTCCGTCCAACTGTAGAACCATGTCGT10.8333333333333334No Hit
CTTCCTCTTCTCAGTAGTTGTTGTTTCCGTCCAACTGTAGAACCATGTCG10.8333333333333334No Hit
CTTCCTCTTCTCAGCAGTTGTTGTTTTCGTCCAACTGTAGAACCATGTCG10.8333333333333334No Hit
CTTCCTCTTCTCAGCAGCAGTTGTTGTTTCCGTCCAACTGTAGAACCATG10.8333333333333334No Hit
TGGCTCATCTTCAAACCGTCTCCTATTTTGTAGTCCAACCCTGTGATGAT10.8333333333333334No Hit
TGGCTCATCTTCAAACCGTGGGCAACTCTGGCAAAACACCTGCATCTGAC10.8333333333333334No Hit
AGACCCCTGGAACTGTTACNNNNNNNNNCACAAGGGNNNNNNNNNNCTNN10.8333333333333334No Hit
GCTATCCTGCCATGCTCCTGACACTCCTGCAGCTCCAGCTTATCATTCAC10.8333333333333334No Hit
CTCCTCTTCTCAGCAGTTGTTGTTTCCGTCCAACTGTAGAACCATGTCGT10.8333333333333334No Hit
CTTCCTCTCTCAGCAGTTGTTGTTTCCGTCCAACTGTAGAACCATGTCGT10.8333333333333334No Hit
CTTCCTCTTCTCAGATGTCCCTCTTGTCACTAACGTCCAACTGTAGAACC10.8333333333333334No Hit
CTTCCTCTTCTCAGCTGGTTGTTTCCGTCCAACTGTAGAACCATGTCGTC10.8333333333333334No Hit
CTTCCTCTTCTCAGCTGTGTTGTTTCCGTCCAACTGTAGAACCATGTCGT10.8333333333333334No Hit
CTTCCTCTTCTCAGTTGTTGTTTCCGTCCAACTGTAGAACCATGTCGTCA10.8333333333333334No Hit
TGGCTCATCTTCAAACCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.8333333333333334No Hit
TGGCTCATCTTCAAACCGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.8333333333333334No Hit
TGGCTCATCTTCAAACCGTCTCCTGTTTTGTAGTCCAACCCAGTGATGAT10.8333333333333334No Hit
TGGCTCATCTTCAAACCGTCTAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGG10.8333333333333334Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.12.1)