FastQCFastQC Report
Wed 10 Jul 2024
EGAF00008146434

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00008146434
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences1500
Total Bases217.4 kbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length142-145
%GC58

[WARN]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCT66644.4No Hit
GCAAAAGTTCTCAGAGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCT37825.2No Hit
AACTCCTGTTTAGGCCTTGCGGCCACTGATAGGACTGCATAGACCAAGTC956.333333333333334No Hit
CGCCAGGCAGGAATCATTCAGGCCTTGCAGAATTTGGGACTCTGCCATAT694.6No Hit
GCAAAGTTCTCAGGGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG221.4666666666666666No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTAAGCGCACCTGCATAGACCAAGTCTCTG70.46666666666666673No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACAAAGTCTCT50.33333333333333337No Hit
AACTCCTGTTTAGGCTTTGCGGCCACTGATAGGACTGCATAGACCAAGTC50.33333333333333337No Hit
GCAAAGTTCTCAGAGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG50.33333333333333337No Hit
GCAAAAGTTCTCAGAGATGTGTAAGCGCACCTGCATAGACCAAGTCTCTG40.26666666666666666No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGGCAAAAGTTCTCAGGGATGTAGGCAAAA40.26666666666666666No Hit
AACTCCTGTTTAGGCCTCTCTCCTCATTCTAAACAACCTGCATAGACCAA40.26666666666666666No Hit
CGCCAGGCAGAATCATTCAGGCCTTGCAGAATTTGGGACTCTGCCATATT40.26666666666666666No Hit
GCAAAAGTCTCAGGGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG40.26666666666666666No Hit
GCAAAAGTTCTCAGAGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACAAAGTCTCT40.26666666666666666No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTTAGAGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGAC40.26666666666666666No Hit
GAAAAGTTCTCAGGGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG40.26666666666666666No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTAAGCGCAGCTGCATAGACCAAGTCTCTG40.26666666666666666No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCAGAGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGAC40.26666666666666666No Hit
GCAAAACTTCTCAGAGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCT40.26666666666666666No Hit
CAAAAGTTCTCAGGGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG40.26666666666666666No Hit
GCAAAAATTCTCAGGGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCT30.2No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCACACTGACGACATGGTTCTACAGGATTCG30.2No Hit
GCAAAAGTTCTCAGAGATGTGTAACGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG30.2No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG30.2No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGGCAAAAGTTCTCAGAGATGTGTAAGCGC30.2No Hit
GCAAAATTCTCAGGGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG30.2No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGACAACATGCTGGAGCCAAGTGCTAACATG30.2No Hit
ACAAAAGTTCTCAGAGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCT30.2No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTAAGCGCGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG30.2No Hit
GCAAAAGTTTCAGGGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG30.2No Hit
CGCCAGGCAGGAATCATTCACACTGACGACATGGTTCTACAGGATTCGCA30.2No Hit
CAAAAGTTCTCAGAGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG30.2No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG20.13333333333333333No Hit
AACTCCTGTTTAGGCCTTGCGCCACTGATAGGACTGCATAGACCAAGTCT20.13333333333333333No Hit
GCAAAAGTTCTCAGAGATGTGTAAGCGCCGCCTGCATAGACCAAGTCTCT20.13333333333333333No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGCAGCTTACTTGGCCTATCTTGACCCGGT20.13333333333333333No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTAAGCACAGCCTGCATAGACCAAGTCTCT20.13333333333333333No Hit
GCAAAAGTTCTCGGGGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCT20.13333333333333333No Hit
GCAAAAGTTCTAAGAGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCT20.13333333333333333No Hit
AACTCCTGTTTAGGCCTTGCGGCCACTATAGGACTGCATAGACCAAGTCT20.13333333333333333No Hit
GGCAAAAGTTCTCAGAGATGTGTAAGCGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTC20.13333333333333333No Hit
AACTCTGTTTAGGCCTTGCGGCCACTGATAGGACTGCATAGACCAAGTCT20.13333333333333333No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTAACGCAGCCTGCATAGACCAAGTCTCTG20.13333333333333333No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.12.1)