FastQCFastQC Report
Wed 10 Jul 2024
EGAF00008147634

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00008147634
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences730
Total Bases105.8 kbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length142-145
%GC55

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA39153.56164383561644No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGA577.808219178082192No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA466.301369863013699No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT202.73972602739726Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTC162.191780821917808No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGAGGACCACCCATGTACTCTGCGTTGATAC152.054794520547945No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCGGCCACTGATAGGATTACGCAGACCAAGTCTCTG81.095890410958904No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGATCCAGGAGTGGGGCCCAT70.9589041095890412No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGCAGA70.9589041095890412No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT70.9589041095890412Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGTGTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG50.684931506849315No Hit
GGTGTTTGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG50.684931506849315No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCT50.684931506849315No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGCCACTGATAGGATTACGCAGACCAAGTCTCTG40.547945205479452No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGC40.547945205479452No Hit
GTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG30.410958904109589No Hit
GGTGTTTGGGATGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG30.410958904109589No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGTA30.410958904109589No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGAAGCACCGCCAGGTCCTTTGAGTTTTAAG30.410958904109589No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTCTGCGTTGATACCA30.410958904109589No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTT20.273972602739726Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
GGTGTTTGGGATGGATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG20.273972602739726No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAAGTGGTTCGCAGAAGCAGCA20.273972602739726No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCATGTA20.273972602739726Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGTTTACCACCCGCTTTGGGCTGCATTCCC20.273972602739726No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGCTCGCAGAAGCAGCA20.273972602739726No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCCCCGGATTTGCCCTTTACCCTCTCAAGA20.273972602739726No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGC20.273972602739726Clontech SMART CDS Primer II A (95% over 24bp)
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCGGCA20.273972602739726No Hit
CTCCAAGTACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA20.273972602739726No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGATTCGCAGAAGCAGCA20.273972602739726No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACACAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA20.273972602739726No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCG20.273972602739726No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGGAAGAGAAAGAATACCCATGTACTCTGCG20.273972602739726No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCATGTA20.273972602739726Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGACAGCACACAT10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGAGGTTCGCAGAAGCAGCA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGACCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTG10.136986301369863Clontech SMART CDS Primer II A (95% over 23bp)
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTGTGCCCGCCCCATGTACTCTGCGTTGAT10.136986301369863No Hit
GTGCTGCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGAC10.136986301369863No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATG10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGGTTCCTGGTGCTGAAGGA10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCGAGTGTGAGGAACTAAACCATGGCCAAG10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGCAGACC10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCGGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGAGAGAGAGCACCCATGTACTCTGCGTTG10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCT10.136986301369863Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 25bp)
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGCGCTCCTGGTGCTGA10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGGTGCCACCTTCTCTTTTGGTTGTTACGC10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGTAGTA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGCCACTGCTCCCATGTACTCTGCGTTGATACC10.136986301369863No Hit
ACAAAAGTTCTCAGGGATGTGAGGACCACCCATGTACTCTGCGTTGATAC10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGGGTCATCCCCAAGCAGCTCTGCGTTGATA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTCTCTTTTGGTTGTTACGCAGAC10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGACAGCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCAC10.136986301369863Clontech SMART CDS Primer II A (95% over 21bp)
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTCTGCGTTGATACCACTCTTCCCATGTA10.136986301369863Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (95% over 21bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGGTGGTCATCCCCAAGCAGCTCTGCGTTGATACCA10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGCGGTGAGTTCAGGCTTTTTCATGGTTTA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTTTCACTA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTGTC10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGCGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTTGCAGAAGCAGCA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCCATGCCTGAATCTGCGGTATACAATT10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTTAACCATGCTTGCGTGAGCGCTATCGGCGC10.136986301369863No Hit
GTACTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA10.136986301369863No Hit
GTGGTCTCTCTTTGATGGAGAGGGTAAAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGACT10.136986301369863No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCGCCACTGATAGGATTACGCAGACCAAGTCTCTGC10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGAC10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCAGGCTTTTTCATGGTTTAGTTCCTCACA10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTCTGGAGTCTTGGAAGCTTGACTACCCTA10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGCGGTGAGCAGGCTTTTTCATGGTTTAGT10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGAGGGTAAAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCATCCCCAAGCAGCTCTGCGTTGATACCAC10.136986301369863No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGAGAAAGCAGAAATGAGTTCAGCAAAGTGAGGA10.136986301369863No Hit
GGTGTGTGGGATGGAATGGTGATCCACGCGGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGAGGACCACCCCATGTACTCTGCGTTGATA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGACAGCCCCAACAAAGCCAAAACCCTACTCA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTGGATGGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA10.136986301369863No Hit
GTGTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAGT10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCACTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTCTGCGTTGATACCACCCATGTACTCTG10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTCTGCGTTGATACCACTGCTTGCCATGT10.136986301369863Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTGTGCCCGCAGCGCTAACTGCTACTCTAA10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGATGTCCAGGCTTTTTCAGGTTTAGTTCCTCACACT10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCACAGAAGCAGCA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGG10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGGAGCAGCA10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTTCAGGGATGTCGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGCA10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTATCAACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTGGATGGTGCTGTCTCTC10.136986301369863No Hit
CTCCAAGTAAGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA10.136986301369863No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGCCTCCTGGTGCTGA10.136986301369863No Hit
GTTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGATCAATTAGTTGTAAACACCACTGCACTC10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTC10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTGGTCCTCACTTTGCTGAACTACCTGGC10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT10.136986301369863Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTGCTGTCTTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCT10.136986301369863No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCACTGATAGGATTACGCAGACCAAGTCTCTG10.136986301369863No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTTTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGA10.136986301369863No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGACCTAGGCTTGACCCATG10.136986301369863No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTCTCTTTGCGGCCACTGATAGGATTACGCA10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCATGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGATCCAGGAGTGGGGCCCATT10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCCGCTCTTGCTTCTCTTTCTTGGGTGT10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCGGTC10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGCCCAGTTGTATGATTGATGCTTACGCAGA10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTCCGCAGAAGCAGCA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTTC10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCCTGTAATCATGTTTTTGATAAAGTCTCT10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTATTACGCAGA10.136986301369863No Hit
GGTGTTGGGATGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAGT10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAGGCAGCA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGACGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGC10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTTGGTTGTTACGCAGACCAAGTCTCTGCTACCGTAT10.136986301369863No Hit
CTCCAGTAACGGTGCTGTCACCCTTTGCCCTTACGCAGACCAAGTCTCTG10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGGGGCCCCCATGT10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCAAGAAGGTGGTTCGCAGAAGCATCA10.136986301369863No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTCTGCGTTGATACCACTGCTCCCATGTA10.136986301369863Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (95% over 24bp)
CTCCAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA10.136986301369863No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGGCCCCTGGTGCTGAAGGA10.136986301369863No Hit
GGTGTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCGGCAG10.136986301369863No Hit
GGTGTTTGGGATGGAAGGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA10.136986301369863No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph