FastQCFastQC Report
Wed 10 Jul 2024
EGAF00008147654

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00008147654
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences1854
Total Bases268.7 kbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length141-145
%GC55

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA102555.285868392664504No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGA27414.778856526429344No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGCAGA512.750809061488673No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTC482.5889967637540456No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCGGCCACTGATAGGATTACGCAGACCAAGTCTCTG291.564185544768069No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGCAGCAACTCTGCGTTGATACCACTGCTTC241.2944983818770228Clontech SMART CDS Primer II A (95% over 24bp)
CTCCAAGTAACGGTGCTGCCACTGATAGGATTACGCAGACCAAGTCTCTG211.132686084142395No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCT140.7551240560949299No Hit
GGTGTTTGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG110.593311758360302No Hit
GTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG80.4314994606256742No Hit
GGTGTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG60.3236245954692557No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTTTCTCTTCACCCTTTGCCCTTACGCAGACCA60.3236245954692557No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGAGGACCACCCATGTACTCTGCGTTGATAC50.2696871628910464No Hit
GGTTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG50.2696871628910464No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGC50.2696871628910464No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCACTGATAGGATTACGCAGACCAAGTCTCTG50.2696871628910464No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAAGTGGTTCGCAGAAGCAGCA50.2696871628910464No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGTGAGGACCACC50.2696871628910464No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTCTCTTCACCCTTTGCCCTTACGCAGACCA40.2157497303128371No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCGCGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA40.2157497303128371No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTGCGTTGATACCACT40.2157497303128371No Hit
GGTGTTTGGGAGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG40.2157497303128371No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCG40.2157497303128371No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCACAGAAGCAGCA40.2157497303128371No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTC40.2157497303128371No Hit
GGTGTTTGGGATGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG30.16181229773462785No Hit
GGTGTTTGGGTGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG30.16181229773462785No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCGGCA30.16181229773462785No Hit
CTCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA30.16181229773462785No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGCAG30.16181229773462785No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTCCGCAGAAGCAGCA30.16181229773462785No Hit
GGTGTTTGGGATGGATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG30.16181229773462785No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGCAGCAACTCTGCGTTGATACCCCATGTAC30.16181229773462785No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCCT30.16181229773462785No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGCGGTTCGCAGAAGCAGCA30.16181229773462785No Hit
CTCCAAGTACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA30.16181229773462785No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTCTTCACCCTTTGCCCTTACGCAGACCAAG30.16181229773462785No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAACAGCA20.10787486515641855No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA20.10787486515641855No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGTAGGGCTCCTGGTGCTGA20.10787486515641855No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT20.10787486515641855Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGTAGCA20.10787486515641855No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAAGTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCTG20.10787486515641855No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGCAGCAACTCTGCGTTGATACCACCCCATG20.10787486515641855No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT20.10787486515641855Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGATTCGCAGAAGCAGCA20.10787486515641855No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCAGCAACTCTGCGTTGATACCACTGCTTC20.10787486515641855Clontech SMART CDS Primer II A (95% over 24bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGCA20.10787486515641855No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCGGAAGCAGCA20.10787486515641855No Hit
CTCAAGTAACGGTGCTGTCTCTCTTTGCGGCCACTGATAGGATTACGCAG20.10787486515641855No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGATGTCTCTC20.10787486515641855No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAGGCAGCA20.10787486515641855No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGACAAACTCTACTCGGAGCTTA20.10787486515641855No Hit
CTCCAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA20.10787486515641855No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGACCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA20.10787486515641855No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGCAGCAACCCTGTGATGATTGATGCTTACG20.10787486515641855No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGTTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGA20.10787486515641855No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGCTCGCAGAAGCAGCA20.10787486515641855No Hit
CTCCAAGTACGGTGCTGCCACTGATAGGATTACGCAGACCAAGTCTCTGC20.10787486515641855No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG20.10787486515641855No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGTAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA20.10787486515641855No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAATCAGCA20.10787486515641855No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTACTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGA20.10787486515641855No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGTA20.10787486515641855No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGAA20.10787486515641855No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCACCCTTTGCCCTTACGCAGACCAAGTCTCT20.10787486515641855No Hit
GGTGTTTGGGATGGTATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA20.10787486515641855No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.12.1)