FastQCFastQC Report
Wed 10 Jul 2024
EGAF00008147658

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00008147658
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences2550
Total Bases369.6 kbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length143-145
%GC55

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA120447.21568627450981No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGA27710.862745098039216No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA1114.352941176470588No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTC1094.2745098039215685No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGCAGA622.431372549019608No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCT391.5294117647058825No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGAGGACCACCCATGTACTCTGCGTTGATAC361.411764705882353No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGCCACTGATAGGATTACGCAGACCAAGTCTCTG321.2549019607843137No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCGGCCACTGATAGGATTACGCAGACCAAGTCTCTG301.1764705882352942No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT220.8627450980392156Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTGCGTTGATACCACT200.7843137254901961No Hit
GGTGTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG110.4313725490196078No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGC110.4313725490196078No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGAGGGTAAAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA110.4313725490196078No Hit
GTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG110.4313725490196078No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCTG110.4313725490196078No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGC90.35294117647058826Clontech SMART CDS Primer II A (95% over 24bp)
GGTGTTTGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG80.3137254901960784No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGCA80.3137254901960784No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGCAG80.3137254901960784No Hit
GGTGTTTGGGATGGATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG80.3137254901960784No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTC80.3137254901960784No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTACGC70.27450980392156865No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTTAGCAACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCC70.27450980392156865Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 25bp)
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCACTGATAGGATTACGCAGACCAAGTCTCTG70.27450980392156865No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTC70.27450980392156865No Hit
CTCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA60.2352941176470588No Hit
GGGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG60.2352941176470588No Hit
GGTGTTTGGGTGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG50.19607843137254902No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCGCGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA50.19607843137254902No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGGTGC50.19607843137254902No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTCTCTTCACCCTTTGCCCTTACGCAGACCA40.1568627450980392No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT40.1568627450980392Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGTGAGGACC40.1568627450980392No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAACA40.1568627450980392No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCCTCC40.1568627450980392No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCGGCCACTGATAGGATTACGCAGACCAAGTCTCAG40.1568627450980392No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGTGAGGACCACC40.1568627450980392No Hit
GGTGTTTGGGAGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG40.1568627450980392No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTTTCTCTTCACCCTTTGCCCTTACGCAGACCA40.1568627450980392No Hit
CTCCAAGTACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA40.1568627450980392No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTCATCCCCAAGCAGCGGTCATCCCCAAGC40.1568627450980392No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTTGGTTGTTACGCAGACCAAGTCTCTGCTACCGTAC40.1568627450980392No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTCATCCCCAAGCAGCTGCGTTGATACC30.1176470588235294No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGTAGCA30.1176470588235294No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCT30.1176470588235294Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 25bp)
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGCGCTCCTGGTGCTGA30.1176470588235294No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTCTCTTTTGGTTGTTACGCAGAC30.1176470588235294No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCCGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGA30.1176470588235294No Hit
GTGCTGTCTCTCTTGATGGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGAC30.1176470588235294No Hit
CTCCAAGTAACGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA30.1176470588235294No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCGGAAGCAGCA30.1176470588235294No Hit
CTCCAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA30.1176470588235294No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCATGTA30.1176470588235294Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCCTCCTT30.1176470588235294No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG30.1176470588235294No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGTAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA30.1176470588235294No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTCTTCACCCTTTGCCCTTACGCAGACCAAG30.1176470588235294No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTATCAACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG30.1176470588235294No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTCTGCGTTGATACCA30.1176470588235294No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGCAACTCTGCGT30.1176470588235294No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.12.1)