FastQCFastQC Report
Wed 10 Jul 2024
EGAF00008147778

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00008147778
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences18192
Total Bases2.6 Mbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length141-145
%GC53

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA981853.96877748460862No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTC13707.530782761653473No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGAGGACCACCCATGTACTCTGCGTTGATAC5012.753957783641161No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGGGCTAAAGA3361.8469656992084433No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTGCGTTGATACCACT2441.3412489006156552No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCT2351.2917766051011434No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCGGCCACTGATAGGAGGCTAAAGACCAAGTCTCTG1610.885004397537379No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT1160.6376429199648197Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
CTCCAAGTAACGGTGCTGCCACTGATAGGAGGCTAAAGACCAAGTCTCTG1110.6101583113456465No Hit
GGTGTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG1080.5936675461741424No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTC1080.5936675461741424No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGTGAGGACCACC1010.5551890941072999No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCTG930.5112137203166227No Hit
GGTGTTTGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG820.45074758135444154No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT790.43425681618293754Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGC790.43425681618293754Clontech SMART CDS Primer II A (95% over 24bp)
GGTGTTTGGGATGGATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG580.31882145998240985No Hit
GTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGGGCTAAAGACCAAGTCTCTGCTACCGTA560.30782761653474056No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTC560.30782761653474056No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCTGAAGAACAGGTTGGGGAAAGTAGAA510.28034300791556727No Hit
GGTGTTTGGGTGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG500.2748460861917326No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTTGGTTGGGCTAAAGACCAAGTCTCTGCTACCGTAT490.269349164467898No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCACTGATAGGAGGCTAAAGACCAAGTCTCTG450.24736147757255939No Hit
GTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG430.23636763412489006No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGCTAAAGACCAAGTCTCTGCTACCGTATGA380.2088830255057168No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCACAGAAGCAGCA370.20338610378188215No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTATC350.19239226033421283No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTCTGCGTTGATACCA350.19239226033421283No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTA330.18139841688654354No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCGGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA320.1759014951627089No Hit
GGTTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG320.1759014951627089No Hit
GGTGTTTGGGATGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG310.17040457343887422No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGATCTCTCCCATAGTCCTGGGAGCTCACTCG280.15391380826737028No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCATGAGGTTTGTTTTTAATTTTATTTTCT280.15391380826737028No Hit
GGTGTTTGGGAGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG270.1484168865435356No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGGTCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA260.14291996481970096No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGGTGC260.14291996481970096No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCATGTA260.14291996481970096Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGATGCAGGGTGTCCCAGGGTTGTGTCCTTGC260.14291996481970096No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTCTCTTTGCGGCCACTGATAGGAGGCTAAA250.1374230430958663No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGACACACTAACTTGCTCAAAGCATGGAGTCC250.1374230430958663No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGGGCTAA240.13192612137203166No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCGGCA230.12642919964819702No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGAAGCACCGCCAGGTCCTTTGAGTTTTAAG210.11543535620052771No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCACCCTTTGCCCGGCTAAAGACCAAGTCTCT210.11543535620052771No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGCGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA210.11543535620052771No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCGCGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA210.11543535620052771No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGGGGACCCATGT210.11543535620052771No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATGCGTGGGGTCTGTGCCCTGTGTGGGAT200.10993843447669306No Hit
GGGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG200.10993843447669306No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGTA200.10993843447669306No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTC200.10993843447669306No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGGGCTAA190.1044415127528584No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGGGACCCCCATG190.1044415127528584No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCGGTCTCTC190.1044415127528584No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGATGGCCCAACACTTGGGGGTGGCCCAAGGA190.1044415127528584No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.12.1)