FastQCFastQC Report
Wed 10 Jul 2024
EGAF00008148963

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00008148963
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences4788
Total Bases693.7 kbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length140-145
%GC54

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA139629.156223893065995No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTC51410.73517126148705No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGA4659.711779448621554No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGC2795.827067669172932No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGA2334.866332497911445No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCT2254.6992481203007515No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA831.7335004177109439No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGAGAACTTGCGCCTG831.7335004177109439No Hit
GTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGACCAAGTCTCTGCTACCGTA521.086048454469507No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGAGGACCACCCATGTACTCTGCGTTGATAC470.9816207184628236No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCGGTCTCTC220.4594820384294068No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCGGCCACTGATAGGATCACAGAGACCAAGTCTCTG220.4594820384294068No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTTTGAAGAAGGAAAAGAAAACACATTT210.43859649122807015No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTC210.43859649122807015No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCAGTCTCTC190.3968253968253968No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGATATGAAGCACCGCCAGGTCCTTTGAGTTT170.35505430242272346No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGACTCTC170.35505430242272346No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGCCACTGATAGGATCACAGAGACCAAGTCTCTG160.3341687552213868No Hit
GCAAAAGTTCTAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCA160.3341687552213868No Hit
GGTGTTTGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG150.3132832080200501No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAG150.3132832080200501No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTC140.29239766081871343No Hit
GTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG120.2506265664160401No Hit
GCAAAGTTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCA120.2506265664160401No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTGCGTTGATACCACT110.2297410192147034No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT110.2297410192147034Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAGA100.20885547201336674No Hit
GAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCA100.20885547201336674No Hit
GGTGTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG90.18796992481203006No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGAGGGTAAAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA90.18796992481203006No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGACCAAGTCTCTGCTACCGTAC90.18796992481203006No Hit
CTCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA90.18796992481203006No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT90.18796992481203006Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGATGCAATTACCATACTGCATGAAATGTC90.18796992481203006No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCCTCCTT90.18796992481203006No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTCTGGAGTCTTGGAAGCTTGACTACCCTA80.1670843776106934No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGATGTCTCTC80.1670843776106934No Hit
CTCCAATAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA80.1670843776106934No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAG70.14619883040935672No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCTCTTTGGTTGTCACAGAGAC70.14619883040935672No Hit
GGTGTTTGGGATGGATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG70.14619883040935672No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCCTCC70.14619883040935672No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCTG70.14619883040935672No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGAC70.14619883040935672No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGTGAGGACCACC70.14619883040935672No Hit
GTGCCTCCTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGACCAAGTCTCTGCTACCGTAC60.12531328320802004No Hit
CTCCAAGTACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA60.12531328320802004No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTCTCTTTGCGGCCACTGATAGGATCACAGA60.12531328320802004No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCTCTTTTGTTGTCACAGAGAC60.12531328320802004No Hit
GGTGTTTGGGATGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG60.12531328320802004No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGC60.12531328320802004Clontech SMART CDS Primer II A (95% over 24bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCCCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGA60.12531328320802004No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAGAG60.12531328320802004No Hit
GGGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG60.12531328320802004No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAAGTTGTTCACCTCCTCCTCAAGCTCCTTC50.10442773600668337No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCAGACTCTC50.10442773600668337No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCGGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA50.10442773600668337No Hit
GGTGTTTGGGTGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG50.10442773600668337No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGACAATGTAGCAACTCTGCGTTGATACCACT50.10442773600668337No Hit
GCAAAAGTTTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCA50.10442773600668337No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCGGACTCTC50.10442773600668337No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.12.1)