FastQCFastQC Report
Wed 10 Jul 2024
EGAF00008149131

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00008149131
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences1970
Total Bases285.4 kbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length141-145
%GC54

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA58829.84771573604061No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTC1537.7664974619289335No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGA1467.411167512690356No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA1366.903553299492386No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGA1095.532994923857868No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCT783.9593908629441623No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGAGGACCACCCATGTACTCTGCGTTGATAC713.604060913705584No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGAGGGTAAAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA251.2690355329949239No Hit
GTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGACCAAGTCTCTGCTACCGTA170.8629441624365483No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAAAGAAGCAGACATGGGAGACTTTTCATTT170.8629441624365483No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATGAAGCAGACATGGGAGACTTTTCATTT160.8121827411167513No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTGCGTTGATACCACT160.8121827411167513No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT140.7106598984771574Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGACTCTC120.6091370558375634No Hit
GTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG110.5583756345177665No Hit
GGTGTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG100.5076142131979695No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGCCACTGATAGGATCACAGAGACCAAGTCTCTG90.4568527918781726No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT90.4568527918781726Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCTTGCACTGTTGCCCAGGCTGGAGTGC80.40609137055837563No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTC80.40609137055837563No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAGA70.3553299492385787No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCGGCCACTGATAGGATCACAGAGACCAAGTCTCTG70.3553299492385787No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGACCAAGTCTCTGCTACCGTAG70.3553299492385787No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGTGAGGACCACC70.3553299492385787No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCAGTCTCTC60.3045685279187817No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGATGTCTCTC50.25380710659898476No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAG50.25380710659898476No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCCTCCTT50.25380710659898476No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTCATCCCCAAGCAGCTGCGTTGATACC40.20304568527918782No Hit
GGTGTTTGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG40.20304568527918782No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGACCACTCTTCCCAGCGCGCCGCCCTTGCTA40.20304568527918782No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCGGTCTCTC40.20304568527918782No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGACTTGTTGGACTTCTCCATACCCCTCCCAT40.20304568527918782No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGC40.20304568527918782Clontech SMART CDS Primer II A (95% over 24bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGGGAGACCCCCA40.20304568527918782No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGCCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATAC40.20304568527918782No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTCTCTTTGCGGCCACTGATAGGATCACAGA40.20304568527918782No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAG30.15228426395939085No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGGTCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA30.15228426395939085No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTC30.15228426395939085No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCACTGATAGGATCACAGAGACCAAGTCTCTG30.15228426395939085No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGGGATACCCCCA30.15228426395939085No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTAGTTCGCAGAAGCAGCA30.15228426395939085No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCGC30.15228426395939085No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTC30.15228426395939085No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGATGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCTGTCTC30.15228426395939085No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTA30.15228426395939085No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCGGACTCTC30.15228426395939085No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGAGGCCCACCCATGTACTCTGCGTTGATAC30.15228426395939085No Hit
CAAAAGTTCTCAGGGATGTGAGGACCACCCATGTACTCTGCGTTGATACC30.15228426395939085No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGGGGACCCCCAT30.15228426395939085No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTAGGGGACCCCATG20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCCC20.10152284263959391No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCT20.10152284263959391Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 25bp)
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGTCTCCTGGTGCTGAAGGA20.10152284263959391No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTCTTCACCCTTTGCCCTCACAGAGACCAAG20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCCTCCTTCTCTTTTGTTGTCACAGAG20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTCTCTCTTTTGGTTGTCACAGAG20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCACCCCATGT20.10152284263959391No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGAGGGCCACCCATGTACTCTGCGTTGATAC20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTGAGAGGGTAAAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGACTTGG20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT20.10152284263959391Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTGCCTCCTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGACCAAGTCTCTGCTACCGTAG20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGAC20.10152284263959391No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGTCATCCCCAAGCAGCGGTCATCCCCAAGC20.10152284263959391No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATACACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA20.10152284263959391No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGGTGCCTCCTTCTCTTTGGTTGTCACAGA20.10152284263959391No Hit
GCGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA20.10152284263959391No Hit
GGTGTTTGGGATGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGATGAATGGACGGATAGATGGATGGATGGAT20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCCCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGA20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGCCCGGAGCCAGAGACAGTGCTGTTTGAG20.10152284263959391No Hit
GCGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGA20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGACATCCCCAAGCAGCTGCGTTGATACCACT20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTCATCCCCAAGCAGCTTTGCGTTGATACCA20.10152284263959391No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTCCGCAGAAGCAGCA20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTCACAGAG20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGTGCTGTCTCTCTTTGATGGGGTGCTGTC20.10152284263959391No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAACA20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGATGTGTGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTC20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCTTCTCTTTTGGTTGTCACAGAGAC20.10152284263959391No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGCTCGCAGAAGCAGCA20.10152284263959391No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGTCATCCCCAAGCAGCTGCGTTGATACCACTGCTT20.10152284263959391Clontech Universal Primer Mix Long (95% over 21bp)
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCACAGAAGCAGCA20.10152284263959391No Hit
CTCCAATAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA20.10152284263959391No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGTA20.10152284263959391No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCTAGCCATGGGTCTGCTCTAGCCTGGG20.10152284263959391No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.12.1)