FastQCFastQC Report
Wed 10 Jul 2024
EGAF00008149695

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00008149695
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24000
Total Bases3.4 Mbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length135-145
%GC56

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCA743530.979166666666668No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGC523021.791666666666668No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA315513.145833333333334No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGA21779.070833333333333No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAATCGCTACAGATCCAGGAGTGGGGCCCAT14616.0874999999999995No Hit
GCAAAGTTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCA2160.8999999999999999No Hit
GTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGCTGCATAGACCAAGTCTCTGCTACCGTA1380.575No Hit
GCAAAAGTTCTAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCA1040.4333333333333333No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCGGCCACTGATAGGACTGCATAGACCAAGTCTCTG960.4No Hit
GGTGTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG890.37083333333333335No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTC860.35833333333333334No Hit
GGTGTTTGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG710.29583333333333334No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGCCACTGATAGGACTGCATAGACCAAGTCTCTG630.2625No Hit
GCAAAAGTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCA590.24583333333333332No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTTGGTTGCTGCATAGACCAAGTCTCTGCTACCGTAT590.24583333333333332No Hit
GCAAAAGTTTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCA570.2375No Hit
GAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCA570.2375No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGAGAGGGTAAAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGA520.21666666666666665No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCA460.19166666666666665No Hit
GTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG440.18333333333333332No Hit
GGTGTTTGGGATGGATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG400.16666666666666669No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGCTGCATAGA390.1625No Hit
GGTGTTTGGGATGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAG380.15833333333333333No Hit
GCAAAAGTTCTCGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCA350.14583333333333334No Hit
GTGCTGTCTCTCTTGATGGAATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGAC340.14166666666666666No Hit
CTCCAAGTAACGGTGCTGTCACTGATAGGACTGCATAGACCAAGTCTCTG320.13333333333333333No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCAACCCTGTGATGATTGATGCCTGCATAG320.13333333333333333No Hit
CTCAAGTAACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA310.12916666666666665No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTGCAACCCTGTGATGATTGATGCCTGCATAG280.11666666666666668No Hit
CTCCAAGTACGGTGCTGTCTGCTGGCTGGTGCAGGGCTCCTGGTGCTGAA280.11666666666666668No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGATCGCTACAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGAC270.11249999999999999No Hit
GCAAAAGTTCTCAGGGATGTCGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGCTGCAT260.10833333333333332No Hit
GTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCTGTCTCTCTTTGATGGTGCCTCCTTCT250.10416666666666667No Hit
GGTGTTTGGGATGGAATGGTGATCCACGCAGGTGGTTCACAGAAGCAGCA250.10416666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.12.1)