FastQCFastQC Report
Wed 10 Jul 2024
EGAF00008151335

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00008151335
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences750
Total Bases108.7 kbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length144-145
%GC47

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT41655.46666666666666No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGAACGGTATTTTTCGTGAGACCAAGTCTC13117.466666666666665No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTTCTGAACGGTATTTTTCGTGAGACCAAGTCTC516.800000000000001No Hit
TGTGTGTGTGTTTCTGTGGGTTTCTTTAAGGTTTGGACAGAAGGGTAAAG374.933333333333334No Hit
ACTTAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC152.0No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTGAACGGTATTTTTCGTGAGACCAAGTCTC91.2No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGTTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT81.0666666666666667No Hit
ACTTAAAAACAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC30.4No Hit
ACTTAAAACAAGGCAGCTCTGAACGGTATTTTTCGTGAGACCAAGTCTCT30.4No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGAAACGGTATTTTTCGTGAGACCAAGTCT30.4No Hit
ACTTAAAAAAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC30.4No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGAACGGTATTTTCGTGAGACCAAGTCTCT20.26666666666666666No Hit
ACTTAAAAACAAGGCGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC20.26666666666666666No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTCTGAACGGTATTTTTCGTGAGACCAAGTCTCT20.26666666666666666No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCCAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT20.26666666666666666No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGACTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT20.26666666666666666No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCCGCCT20.26666666666666666No Hit
ATTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC20.26666666666666666No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTGTGCCCTCCCAGGTACCCCAAGCTGGCAG20.26666666666666666No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGCGCTACAGTTTCTGCCT20.26666666666666666No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTGCAGTTTCTGCCT20.26666666666666666No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGACGGTATTTTTCGTGAGACCAAGTCTCT20.26666666666666666No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTATGCCCTCCCAGGTACCCCAAGCTGGCAG20.26666666666666666No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCCTGAACGGTATTTTTCGTGAGACCAAGTCTCT20.26666666666666666No Hit
ACTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCAGCCTC10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTACTGTCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAACGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGTAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGACTAATCGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTCTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
TGTGTGTGTGTTTCTGTGGGGCCAGTTTGCTTGGCGTAGAGGTCCATTCT10.13333333333333333No Hit
ACTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGATGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
TGTGTGTGTGTTTCTGTGGGTTTCTTTAAGGTTTGGACAGAAGAGTAAAG10.13333333333333333No Hit
TGTGTGTGTGTTTCTGTGGGTTTCTTTAAGGTTTGGACAGAAGGGTAAAT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGTCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCCAACGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGAAGGTATTTTCGTGAGACCAAGTCTCTG10.13333333333333333No Hit
ATTAAAAACAAGGCAGCTCTGAACGGTATTTTTCGTGAGACCAAGTCTCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAGTGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCAAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAGCAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
TGTGTTGTGTTTCTGTGGGTTTCTTTAAGGTTTGGACAGAAGGGTAAAGC10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAGGCAGCTCTGAACGGTATTTTTCGTGAGACCAAGTCTCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTTCTGAACGGTATTTTCGTGAGACCAAGTCTCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGTCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGAACGGTAATTTTCGTGATCCCAAGTCGA10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTACCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCCAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGAAGCAGTGGT10.13333333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
TGTGTGTGTGTTTCTGTGGGTTTCTTTAAGGTTTGGGCAGAAGGGTAAAG10.13333333333333333No Hit
ACTTAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCC10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATACCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
TGTGTGTGTGTTTCTGTGGGATTCTTTAAGGTTTGGACAGAAGGGTAAAG10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGGTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
TGTGTGTGTGTTTCTGTGGGTTTCTTTAAGGTTTGGACGGAAGGGTAAAG10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCGAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAAAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCCC10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGAACGGTTTTTTCGTGAGACCAAGTCTCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAGTGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCGGCTCTGAACGGTATTTTTCGTGAGACCAAGTCTC10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTACGTATTTTTCGTGAGACCAAGTCTCTGC10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGAACGGGATTTTTCGTGAGACCAAGTCTC10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGAACGGATTTTTCGTGAGACCAAGTCTCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAGACAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit
ACTTAAAAACAAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGAAGCAGTGGT10.13333333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
ACTTAAAGACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT10.13333333333333333No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.12.1)