FastQCFastQC Report
Wed 10 Jul 2024
EGAF00008152893

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00008152893
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences1552
Total Bases224.9 kbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length142-145
%GC46

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC54334.98711340206185No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGAACGGTATTTTTGGACAGACCAAGTCTC28318.234536082474225No Hit
TGTGTGTGTGTTTCTGTGGGTTTCTTTAAGGTTTGGACAGAAGGGTAAAG23615.206185567010309No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCT1258.054123711340207No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTTCTGAACGGTATTTTTGGACAGACCAAGTCTC704.510309278350515No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTGTGCCCTCCCAGGTACCCCAAGCTGGCAG261.675257731958763No Hit
ACTTAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCT201.2886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTGAACGGTATTTTTGGACAGACCAAGTCTC201.2886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCT70.4510309278350515No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGAACGTATTTTTGGACAGACCAAGTCTCT60.3865979381443299No Hit
ACTTAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC60.3865979381443299No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTATGCCCTCCCAGGTACCCCAAGCTGGCAG60.3865979381443299No Hit
ACTTAAAACAAGGCAGCTCTGAACGGTATTTTTGGACAGACCAAGTCTCT50.3221649484536082No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGAACGGTATTTTGGACAGACCAAGTCTCT50.3221649484536082No Hit
CCTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC40.25773195876288657No Hit
TGTGTGTGTGTTTCTGTGGCAGCTCTGAACGGTATTTTTGGACAGACCAA40.25773195876288657No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTGCAGTTTCTGCCTC30.19329896907216496No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGTTACAGTTTCTGCCTC30.19329896907216496No Hit
ACTTAAAAACAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC30.19329896907216496No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTATCAACGAAGAGGTCCATTCTAGTGCCTT30.19329896907216496No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTCTGAACGGTATTTTTGGACAGACCAAGTCTCT30.19329896907216496No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGACTC30.19329896907216496No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACGGTTTCTGCCTC30.19329896907216496No Hit
CTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCT20.12886597938144329No Hit
ACTAAAAACAAGGCAGTGCTATGCCCTCCCAGGTACCCCAAGCTGGCAGC20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGGTATCAACGAAGAGGTCCATTCTAGTGCCTT20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCT20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGTTAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTACTACAGTTTCTGCCTC20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCCAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGCTCTGAACGGTTTTTTGGACAGACCAAGTCTCT20.12886597938144329No Hit
TGTGTGTTGTTTCTGTGGGTTTCTTTAAGGTTTGGACAGAAGGGTAAAGC20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAAAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCT20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTTCCTGCCTC20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTTCTGAACGGTATTTTGGACAGACCAAGTCTCT20.12886597938144329No Hit
ACTTAAACAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCTT20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTACCTC20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAGTGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATACTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGTTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTC20.12886597938144329No Hit
TGTGTGTGTGTTTCTGTGGGTAAGCAGTGGTATCAACGAAGAGGTCCATT20.12886597938144329Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (95% over 22bp)
ACTTAAAAACAAGGAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCT20.12886597938144329No Hit
ATTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCT20.12886597938144329No Hit
ACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCTAATGGTGCTACAGTCTCTGCCTC20.12886597938144329No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

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